gromacs培训课程-第2期(喵/汪老师课程)

课程介绍：

这个课程培训质量巨高，是喵/汪两位老师多年从事蛋白结构/生物领域多年总结的经验及理解，因此这是你从零基础到系统化培训gromacs如何在蛋白核酸体系中应用的绝佳的机会，这个里面全程的讲解都涉及生物领域相关，没有所谓的飞冰块操作，更加不存在奇奇怪怪非生物模拟的讲解！!!!!!

对于课程内容的把控绝对适合生物相关的人员进行学习，内容绝对的充实，课程的信息量绝对的足够以及新鲜，根据现代科研的需要不断更新的内容，从理论到实践操作全部进行讲解，理论的讲解也不再是PPT的朗读，而是基于自身的理解进行讲解，关于案例的讲解不再是单纯的操作教你点点，而是传授各类体系中相关的技巧与经验，让你知道处理各类体系时应该需要注意什么，不是随意的得到结果就OK！关于生物类的问题咨询也绝对足够的专业！30个小时的课程内容绝对让你感受到诚意满满！你每次不断的听回放都能感受到什么叫专业，你每次的回放都能给你带来知识获取的愉悦！我们提供长期的答疑，这个才是关键，因为专业所以才有效！购买视频回放也依然会提供答疑！

• 分子动力学模拟在生物医药研究中的应用；
• 分子力场的基本概念、函数形式、常用力场及其应用范围；
• 分子动力学算法介绍：能量极小化算法、积分运动方程算法、周期边界条件、非键相互作用、热浴、压浴、限制和约束等。
  
  

• 分子结构坐标文件的介绍；
• 拓扑文件、力场文件简介及编写；
• 模拟运行文件介绍及常用参数设置；
• 常用模拟指令介绍。

• 蛋白及核酸生物化学基础； 
• 生物大分子模拟基本流程：结构文件获取与检查，模拟体系的搭建、能量极小化、退火、平衡模拟、产生相模拟、轨迹结果分析；
• 运行案例：常规溶液蛋白（结构文件修改、质子化状态确定、力场及水模型选择等）模拟、金属蛋白（特殊侧链修饰处理）模拟、DNA-G4及核酸适体（限制势使用）模拟；
• 结果分析：RMSD、RMSF、Rg、氢键分析、构象聚类、RAMA-PLOT、自由能面绘制等；
• VMD基础操作、轨迹结果分析及绘图。

• 蛋白质-配体复合物模拟理论基础；
• 蛋白-配体对接理论基础与简单对接案例；
• 配体拓扑获取、模拟运行文件编写；
• 运行案例：蛋白小分子复合物模拟，蛋白-磷酸化多肽模拟（非标准残基处理），RNA-多肽复合物模拟，核酸适体-小分子复合物模拟；
• 结果分析：关键残基距离及角度分析、氢键网络、相互作用能计算、接触距离矩阵等；
• 结合自由能介绍，MMGBSA计算结合自由能、残基能量分解等。

• 膜蛋白基础介绍：磷脂、膜及膜蛋白结构基础，膜蛋白结构测定方法，常用生物膜力场等；
• 常用的膜构建和蛋白嵌入方法；
• PACKMOL和CHARMM-GUI使用基础；
• 运行案例：混合膜结构构建与预平衡，抗病毒药物模拟与分析，跨膜蛋白复合物模拟与分析。

• 粗粒化力场基础知识（MARTINI及SIRAH力场为例）；
• 使用Martini力场创建粗粒化系统，进行短肽的自组装模拟及小分子-蛋白结合过程模拟；
• 使用SIRAH力场创建并模拟环形双链核酸、膜蛋白的粗粒化系统；
• 结果分析：短肽自组装的团簇分析、溶剂可及表面积（SASA）计算、粗粒化结构还原、蛋白-小分子结合过程分析等。

• 生物功能材料模拟基础；
• 材料拓扑文件构造（二氧化硅、FCC金属），体系搭建；
• 运行案例：小分子影响蛋白质在二氧化硅表面吸附模拟，蛋白在金属表面行为模拟；
• 结果分析：蛋白吸附行为分析，测量接触表面积、分析氢键、盐桥、相互作用能等。