修改蛋白pdb文件链号

#!/bin/bash

shuru="before-mix.pdb"                       #输入文件，只能处理pdb格式，并且=两边不能有空格

shuchu="before-mix3.pdb"                     #输出文件，只能处理pdb格式，并且=两边不能有空格

# 检查源文件存在性及可读性

if [[ ! -f "$shuru" || ! -r "$shuru" ]]; then

    echo "错误：before-mix.pdb 文件不存在或不可读" >&2

    exit 1

fi

# 创建临时工作文件防止空输出

tmp_file=$(mktemp)

trap 'rm -f "$tmp_file"' EXIT

# 多阶段字符替换（含行长度校验），22字符为chain号，所以下面输入21，“5,5839s”表示需要替换的链号，根据实际需要手动负责增加

sed -E \

    -e "5,5839s/^(.{21})./\1A/; t; " \

    -e "5840,11644s/^(.{21})./\1B/; t;" \

    -e "11645,17518s/^(.{21})./\1C/; t; " \

    -e "17519,23353s/^(.{21})./\1D/; t; " \

-e "23354,23439s/^(.{21})./\1E/; t; " \

-e "23440,23525s/^(.{21})./\1F/; t; " \

-e "23526,23611s/^(.{21})./\1G/; t; " \

-e "23612,23697s/^(.{21})./\1H/; t; " \

    "$shuru" > "$tmp_file"

# 结果有效性检查

if [[ -s "$tmp_file" ]]; then

    mv "$tmp_file" "$shuchu"

    echo "生成成功：$shuchu"

else

    echo "错误：输出文件为空，请检查输入文件格式" >&2

    exit 2

fi