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全原子力场使用

时间:2025-04-30     作者:邱新龙【转载】   来自:autoff手册+个人整理   阅读

全原子力场类型

GAFF:amber匹配的小分子力场

GAFF2:2代gaff力场

GAFF2 mod:2代修改后

OPLS-AA/L:建议不用

OPLS-AA/MM:比上一个更好

L-OPLS:设计用于模拟大量液体,也常用于生物分子的分子动力学模拟。OPLS使用5个价项,其中1个静电项,但没有交叉项

OPLS-PFPE:结合实验和从头算起的量子力学计算,得出了基于全优化液体模拟全原子电势(OPLS-AA)的全氟聚醚(PFPE)的力场

OPLSR-PEO:修正的用于聚环氧乙烷的OPLS力场

CGenFF:charmm的小分子力场,CGenFF力场是CHARMM的通用力场,多了一项Urey-Bradley相互作用势,以弥补键角弯曲势的不足。

Tripos:TRIPOS力场是一种通用小分子力场,主要用作Sybyl对接软件的对接力场,目前已经不再更新。由Tripos公司开发,用于Alchemy和SYBYL程序中,有时也叫SYBYL力场。用于模拟有机和生物有机分子,常用于CoMFA分析(3D QSAR)。使用5个价项,其中1个静电项

SYBYL:了解Sybyl软件

UFF:作为补充信息,尽管有许多通用力场,表示包括所有元素,但只有它采用了这个名字,它是目前最有前途的全周期表力场。 UFF最主要用于包含无机元素的体系,其设计使用4个价项,但没有静电项。UFF力场比DREIDING力场有更广泛的适用范围,是对DREIDING力场的发展。

Dreiding:作为补充信息,在DREIDING力场中,参与分子内或分子间相互作用的所有原子,都被按其成键的杂化类型或几何构型进行系统分类,同种类型的原子参与相互作用性质相同,不同种类型的原子参与相互作用性质不同。DREIDING力场在计算结合能和分子相互作用时的精度更高,但一些过渡金属元素相关参数存在缺失。

CVFF/hamonic

CVFF aug/harmonic

CL&P:离子液体力场

OPLS-20091L

OPLS-20091L/0.8

Interface/CHARMM:匹配charmm 的interface的力场参数

FCC-Metal:使用Lennard-Jones势精确模拟十种FCC金属和钢的表面和界面

Metal

SMALL/EPM2:TraPPE– Small-EPM2模型,

SMALL/FF:TraPPE– Small-FF

SMALL/OH-::TraPPE– Small-OH-

ClayFF


力场链接

gaff:https://ambermd.org/antechamber/gaff.html

Amber:https://ambermd.org/AmberModels.php

opls:https://traken.chem.yale.edu/oplsaam.html

opls:https://traken.chem.yale.edu/ligpargen/

charmm:https://academiccharmm.org/tools

CVFF:http://www.uoxray.uoregon.edu/local/manuals/biosym/discovery/General/Forcefields/CVFF.html

Interface/CHARMM:https://bionanostructures.com/interface-md/

UFF:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja00051a040

Dreiding:https://lammpstube.com/wp-content/uploads/2019/10/A-Generic-Force-Field-for-Molecular-Simulations.pdf

TRAPPE-small:http://trappe.oit.umn.edu/#small

ClayFF:http://www.sklogwiki.org/SklogWiki/index.php/CLAYFF_force_field

ClayFF:https://github.com/thomasunderwood/ClayFF

CL&P:https://github.com/paduagroup/clandp

CL&P:https://link.springer.com/article/10.1007/s00214-012-1129-7

FCC-Metal:https://www.nature.com/articles/s41524-020-00478-1


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