水模型选择

水模型

OPC

OPC3

SPCSPC/ESPC/Eb

TIP3P

TIPS3P

TIP3P-FB

TIP4P

TIP4P/EW

TIP4P/2005

TIP4P/ICE

TIP4P/epsilon

SPC/E-HW

TIP3P-HW

TIP4P/2005-HW

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.1c00794

御用的水模型，比你说的水模型会更好。对于非极化的水，TIP4P-EW是最好的？？。对于可极化的水，AOMEBA是最好的。

TIP3P：amber、gaff御用的。

TIP4P：OPLS御用的。

TIP4P-EW：在TIP4P基础上专为ewald计算优化，对水的凝聚相各种热力学、结构性质表现得比其它水模型都好。

SPC：GROMOS力场御用的。

SPCE：对纯水体系比SPC、TIP3P都好。但是有人说这个在纯水下表现好，在混合体系疏水性略强。

shell水模型：在gmx中直接支持。就是给普通的水中间加了个振子表现可极化效应。虽然形式是所有可极化水模型里几乎最简单的，耗时少，但是步长必须设得很短，0.2fs。

AMOEBA水模型：Atomic Multipole Optimized Energetics for Biomolecular Application：主要在Tinker中使用，amber也支持。包括比较复杂的可极化水模型，是三点模型，在原子中心上除了单极矩（原子电荷）外还用偶极矩、四极矩来精确描述电荷分布，并且给予原子由拟合实验值得到的原子极化率，在外场下产生诱导偶极矩以使电荷分布能响应实际环境，氢的范德华作用也考虑进去。不是一般的LJ势。这个水是柔韧的，因此不要用约束算法固定住它的结构。这个水模型管在纯水液相状况下比TIP5P没什么改进还多花时间，但普适性比起其它模型都好得多，气相、溶液相都适用，而不是像固定点电荷水模型只在特定环境下才好。对结构、热力学数据、结合能重现得都好。