volmap1

volmap命令创建基于分子数据的体积图（每个网格点包含一个值的3D网格），然后可以使用Isosurface和volumesslice表示或使用Volume着色模式在VMD中可视化。

还请注意，可以从VMD Extension菜单访问VolMap插件，它为VolMap命令的许多功能提供了图形化的前端。

要创建volumetric map， volmap命令以如下方式运行，其中atom selection指定要计算的原子和分子，maptype指定要创建的volumetric数据类型：

volmap <maptype> <atom selection> [optional arguments]

例如，要创建一个晶胞面为0.5˚a的质量密度图，在顶部分子的所有框架上取平均值，并将体积数据添加到顶部分子，我们将使用：

volmap density [atomselect top "all"] -res 0.5 -weight mass -allframes -combine avg -mol top

volmap目前支持的各种体积数据映射类型如下所示。

请注意，当映射类型描述引用原子半径或beta场等时，这些值将直接从VMD与该原子相关的字段中读取。在某些情况下，您可能希望在执行volmap分析之前调整原子选择字段（如半径、beta等）。

volmap maptype-density

说明：

在每个网格点创建加权原子密度图。这是通过将选择中的每个原子替换为宽度（标准偏差）等于其原子半径的归一化高斯分布来实现的。然后，使用从原子数值属性之一读取的可选权重对每个原子的高斯分布进行加权，默认权重为1。然后将各种高斯分布在网格上相加。最终映射的意义将取决于所选的权重。例如，选择权重为“无”将计算数密度，选择权重“质量”将计算质量密度，以此类推。

选项：

resolution：网格的分辨率，单位为埃。

atom size：在计算映射之前，与每个原子半径相乘的因子。这通常用于使地图看起来更平滑。

weights：每个原子的权重将从弹出菜单中选择的属性中读取。“无”是指一个统一的重量。

Extensions>Analysis>VolMap Tool

Vol可以选择自己设定的区域，设定区域的密度场

volmap maptype-distance

说明

创建一个贴图，其中每个网格点都包含该点与最近原子（由其VdW球体定义）边缘之间的距离。换句话说，每个网格点指定以该点为中心的球体的最大半径，该球体不与任何其他原子的球体相交。使用原子的VMD半径将所有原子视为球体。

选项：

resolution：网格的分辨率，单位为埃。

cutoff：这是探测的最大距离，单位为埃。高于截止值的距离将被设置为截止值。增加截止值将提供在较大距离上准确的地图，但计算速度可能要慢得多。

volmap maptype-distance

volmap maptype-mask

说明：

创建一个设置为0或1的贴图，具体取决于它们是否在选择中任何原子的指定截止距离内。掩模图通常与其他图结合使用，以隐藏/掩模远离感兴趣区域的数据。

选项：

resolution：网格的分辨率，单位为埃。

cutoff：这是每个原子使用的半径，单位为埃。

volmap maptype-occupancy

说明：

每个网格点设置为0或1，具体取决于它是否包含onbe或更多原子。当在许多帧上进行平均时，这将提供该网格点的占用率。默认情况下，使用原子半径将原子视为球体，如果网格点位于球体内，则认为其被“占用”。

选项：

resolution：网格的分辨率，单位为埃。

cutoff：如果要将粒子视为点，请选中此项。只有原子中心所在的网格单元才会被标记为已占用。