详细内容

Properties

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Band structure:能带

Density of states:态密度

Electron density:电荷密度

Electrostatics:静电作用

Frequency:频率

Fukui function:福井函数

Optics:光学

Orbitals:轨道

Population analysis:布局分析


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Empty bands:在计算能带时,其中生成空带的数目

k-point set:指定能带结构计算时k点集的精度。每个精度对应于倒空间路径上的连续k点之间的特定近似间隔。

Quality:k点间隔(Å-1)

Coarse 0.04

Medium 0.025

Fine 0.015

Separation:指定k点之间的近似间隔,单位为Å-1。默认值取决于选定的k点集。

Path:提供对“布里渊区路径”对话框的访问,该对话框允许您设置带结构计算的倒空间路径。


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Empty bands:在计算能带时,其中生成空带的数目

k-point set:指定能带结构计算时k点集的精度。每个精度对应于倒空间路径上的连续k点之间的特定近似间隔。

Quality:k点间隔(Å-1)

Coarse 0.07

Medium 0.05

Fine 0.04

Calculate PDOS:选中时,表示还将计算生成部分和局部状态密度所需的信息。

k点集下拉列表和More按钮对于非周期性系统上的计算被禁用。


Calculate crystal orbital populations:选中时,表示计算晶体轨道重叠和晶体轨道哈密顿布居所需的信息已计算完毕。

晶体轨道布居需要在3D原子文献中称为COOP_Set_1和COOP_Set_2的两个集合。

建议使用不大于dnp的基组进行晶体轨道布居计算。

要求态密度性质的计算也将为费米表面的产生提供信息。

周期系统DOS图的默认计算范围在-1.0和1.0 Ha之间。可以通过编辑输入文件中的Plot_DOS关键字来修改此范围。非周期结构的DOS图包括所有计算的轨道。对于只有一个伽玛点的分子和周期系统,显示了包括核心能级在内的整个态密度。


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计算中使用的Monkhorst Pack k点网格可以通过以下四种方式之一指定:

Gamma point only:选中时,表示状态密度计算使用(0,0,0)处的单个k点。

Separation:选中时,根据指定的k点分隔生成k点栅格。在相关文本框中指定k点间距,单位为Å-1。

选择“Separation”时,将导出Monkhorst Pack参数,以在相邻轴网点之间提供指定的分离。

要求态密度性质的计算也将为费米表面的产生提供信息。为了生成准确的费米表面,应选择“Separation”选项,并指定0.01 1/Å或更小的值。

Custom grid parameters:选中后,使用Monkhorst Pack栅格参数和分别在栅格参数和原点偏移文本框中指定的分数倒空间坐标中的原点偏移生成k点栅格。

Grid parameters:在每个栅格方向上指定Monkhorst Pack栅格参数。

Actual spacing:显示k点间距,单位为Å-1,由每个晶格方向上当前指定的Monkhorst Pack网格参数产生。

Origin shift:指定分数倒空间坐标中Monkhorst Pack栅格的偏移。

只有选择“Custom grid parameters”选项时,才会启用栅格参数和原点偏移控件。

Display points:显示将使用当前指定的参数生成的倒易空间网格点的数量和分数坐标。

如果系统的对称性改变,将在计算中使用的实际k点集合可能会改变。


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Total density:选中时,表示将计算总电荷密度。

Deformation density:选中时,表示将计算减去孤立原子密度的总密度。

Spin density:选中时,表示将计算α自旋电子和β自旋电子的电荷密度之差。

只有在“Setup”选项卡上选中“Spin unrestricted”复选框时,才会启用“Spin density”选项。

网格提供对DMol3栅格参数对话框的访问,该对话框允许您设置用于计算轨道体积特性的栅格的分辨率和范围。

网格的默认分辨率为0.25Å。您也可以通过编辑输入文件和添加关键字Grid来修改此设置。


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Grid resolution:指定网格的分辨率。可用值为:

Coarse-0.4Å网格间隔

Medium-0.25Å网格间隔

Fine-0.15Å网格间距

Grid interval:或者,指定用户定义的栅格间距值。将此参数设置为上面列出的值以外的值将导致“Grid resolution”设置为“Customized”。

较小的网格间隔(即更精细的分辨率)会产生更高质量的网格,但计算和显示成本更高。

Border:指定在创建体积网格时要施加的关于分子范围的边界大小。

无论从何处访问对话框,此对话框中设置的值都将用于计算所有体积特性。


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Electrostatic potential:选中时,表示将计算总静电电势,并将其作为.grd文件中的一组体积数据返回。

Electrostatic moments:选中时,表示将计算分子的偶极矩。对于周期系统或运输设置时,这些偶极矩没法计算。

Nuclear electric field gradients:当检查时,表示将计算核电场梯度,这是核磁位移的重要组成部分。

Work function:选中时,表示将执行功函数计算。将计算将电子从块状体系移除到真空中所需的能量,作为板体系距离的函数。此计算仅对板启用。进行功函数计算时,应激活偶极板校正。

由于不同的电荷补偿算法,该计算将产生略微不同的总能量,其他特性不受影响。网格提供对DMol3栅格参数对话框的访问,该对话框允许您设置用于计算轨道体积特性的栅格的分辨率和范围。

网格的默认分辨率为0.25Å。您也可以通过编辑输入文件和添加关键字Grid来修改此设置。


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Hessian元素是通过位移模型中的每个原子并计算梯度向量来计算的,这建立了一个完整的二阶导数矩阵。默认情况下,所有原子都会在这个过程中位移。

Calculate Raman intensities:检查时,将计算振动模式的拉曼强度。“Calculate Raman intensities”选项仅适用于非周期系统的计算。

Use coarse-grained parallelization:当检查时,粗粒度并行性用于数值位移频率计算。生成系统Hessian矩阵所需的几何位移计算在所有可用的计算节点上均匀分布。然后以串行模式运行每个位移,并在计算结束时收集最终的Hessian元素。对于具有许多振动模式和非平凡数量的计算节点的较大系统,这是优选的方法。如果不进行检查,则按顺序计算数值位移,每个位移以并行DMol3过程运行。这对于具有较少正常模式的较小系统或具有有限数量计算节点的机器来说可能是有利的。如果使用B3LYP或HF泛函,如果请求拉曼强度,或者如果请求的核心数量与所需位移数量不兼容,DMol3服务器将忽略粗粒度并行化请求。在这些情况下,粗粒度并行化要么没有实现,要么效率低下。


Calculate partial Hessian:选中时,仅使用属于HessianAtoms集合的原子来生成Hessian。当未选中时,HessianAtoms集合不用于计算Hessian,并且Hessian是根据所有原子的位移构建的。默认情况下,使用分析力的两点差来评估Hessian。用户可以通过修改输入文件中的关键字Vibration_Steps来更改此设置。有关如何修改输入文件的信息,请参阅DMol3作业文件主题。

More打开“部分Hessian”对话框,该对话框提供用于创建和选择用于Hessian计算的原子集的选项。


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f(+) Nucleophilic:当检查时,表明将计算反映亲核攻击易感性的f+Fukui函数。

f(-) Electrophilic:当检查时,表明将计算反映亲电攻击易感性的f-Fukui函数。

f(0) Radical:选中时,表示将计算反映自由基攻击易感性的f0 Fukui函数。这只是f+和f-的平均值。

Grid提供对DMol3栅格参数对话框的访问,该对话框允许您设置用于计算轨道体积特性的栅格的分辨率和范围。


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Calculate:指定要包括在光学特性计算中的最低状态数和状态类型。选项包括:

Singlet

Triplet

光学计算只能在非周期性系统或Gamma k-point only的3D周期性系统上执行。

振子强度仅适用于单线态和非周期计算。

Use:指定用于计算光学特性的TD-DFT方法,选项包括:

ALDA(默认)-使用包含交换相关项的ALDA内核计算TD-DFT激励。

ALDAx-使用仅具有交换项的改进ALDA核计算TD-DFT激励。

RPA-无交换相关响应,仅包括静电响应。

More其中提供了用于控制极化率和频率的选项。

Optimize geometry for:指定应优化其几何体的激发状态。默认值为1(即第一个激发状态)。

指定状态的优化结构将保存在<seedname>_[S,T,E]<n>_GO.xsd输出文件中,其中:

S是单线态

T是三重态

E是自旋不受限制的状态

<n> 是激发态的数目

激发态的几何结构只能针对非周期系统进行优化。


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Calculate polarizability:选中时,表示也将计算线性极化率。这种状态总和计算要求计算所有可用的激励,并防止选择要计算的最低状态的数量。极化率是通过态和表达式来计算的。此计算可能需要很长的时间,并且需要比默认光学计算多得多的内存。极化率计算只能在非周期系统上进行。


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Calculate hyperpolarizabilities:选中时,表示也将计算超极化度。

Calculate frequency dependent properties:选中时,表示也将计算与频率有关的过程。选中“Calculate hyperpolarizabilities”复选框时,可用的过程包括:

频率相关线性极化率

二次谐波产生(SHG)

光学整流(OR)

电光波克尔效应(EOPE)

三次谐波产生(THG)

直流感应二次谐波产生 (dc-SHG)

强度相关折射率(IDRI)

电光克尔效应(EOKE)

如果未选中“Calculate hyperpolarizabilities”复选框,则仅计算与频率相关的线性极化率。

Incident light:应用于工艺的入射光的波长(以nm为单位)。

514.5nm的默认值对应于标准Ar激光器。激光光谱仪的其他流行波长包括632.8 nm(He-Ne)、785 nm(二极管)和1064 nm(Nd:YAG)。


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HOMO:选中时,表示选择了占用的最高分子轨道进行渲染。

LUMO:选中时,表示选择了最低的未占用分子轨道进行渲染。

Grid提供对DMol3栅格参数对话框的访问,该对话框允许您设置用于计算轨道体积特性的栅格的分辨率和范围。

Extra levels above/below the Fermi level:指定要计算的LUMO能级以上和HOMO能级以下的额外轨道。在此文本框中输入一个值意味着,如果选择,除了HOMO/LUMO之外,还将计算指定数量的占用轨道和虚拟轨道。例如,当检查HOMO和LUMO复选框时,输入值5,除了HOMO和RUMO(总共12个轨道)之外,还将计算5个占用轨道和5个虚拟轨道。

网格的默认分辨率为0.25Å。您也可以通过编辑输入文件和添加关键字Grid来修改此设置。


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Mulliken analysis:从下拉列表中选择要执行的马利肯布居分析的类型。可用选项包括:

None-关闭马利肯分析

Atomic Charge-计算每个原子上的总马利肯电荷

Orbital & Charge-计算每个原子上每个原子轨道对原子电荷的贡献

Overlap Matrix-计算不同原子上每对原子轨道的重叠布居

只要有可能,Mulliken和Mayer键序与Mulliken分析一起计算。

只能计算非周期结构的键序。计算键序时不应使用对称性信息,也就是说,应取消选中“Setup”选项卡上的“ Use symmetry”复选框。

Hirshfeld analysis:从下拉列表中选择要执行的Hirshfeld布居分析程度。可用选项包括:

None-关闭Hirschfeld分析

Charge

Dipole

Quadrupole

ESP charges:选中时,表示最能再现DFT库仑势的原子中心电荷将作为DMol3运行的一部分进行计算。


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