Energy

Forcefield：从下拉列表中选择一个力场。Mesocite中可用的力场有MS Martini、MS Martini 3和Shinoda2007。

除了标准力场之外，上述列表还可以用自定义力场进行补充。通过选择“Browse...“添加自定义力场，从“Forcefield“下拉列表的底部，这将显示“Choose Forcefield“对话框，允许您将自定义力场添加到列表中。

更多提供对“Mesocite准备选项”对话框的访问，该对话框包含为计算准备结构的进一步选项，特别是指定力场类型。

Quality：指定能量计算的精度。在静电和范德华相互作用的基于珠和基于群的求和的情况下，精度水平影响Ewald求和的Ewald精度和非键截止距离。可用选项包括：

Coarse

Medium

Fine

Ultra-fine

这四个级别以更长的计算时间为代价，逐渐提供更高的准确性。

可以在“Mesocite Non-Bond Options”对话框中更精确地调整此参数。

此处的“Quality”设置从“Setup”选项卡上为计算选择的总体精度级别传递。因此，更改此处的“Quality”会将计算的总体精度显示为“Customized”。

Electrostatic：从下拉列表中选择用于静电交互的求和方法。可用选项包括：

Bead based

Ewald

PPPM

van der Waals：从下拉列表中选择用于范德华交互的求和方法。可用选项包括：

Bead based

Ewald

只有当周期性结构在范围内时，静电和范德华相互作用的Ewald选项才可用。

静电相互作用的PPPM选项仅在结构为3D周期性时可用。

更多提供对“ Mesocite Non-Bond Options”对话框的访问，该对话框包含用于指定非键相互作用参数的其他选项。使用GPU时，某些选项（包括Ewald方法）不可用。有关更多信息，请参阅在GPU上运行Mesocite作业。

Name：原子类型

Description：描述结构类型，以及珠子的极性

Summation method：从下拉列表中选择用于确定非键能的方法。可用选项包括：

Atom based

Group based

Ewald

PPPM

可用的选项取决于系统的周期性和选定的力场。例如，Ewald选项仅在周期性系统在范围内时可用，PPPM仅在系统为三维周期性系统时可用。对于嵌入原子模型力场（FinnisSinclair，ZhouJohnsonWadley，SuttonChen，DaiKongLiLiLiu），只有基于原子的求和方法可用。

Truncation：从下拉列表中选择要应用于基于原子和基于基团的方法的非键能项的截断类型。可用选项包括：

Cubic spline -将执行非键能项从其全值到零的三次样条规

None-不应用截断，也就是说，将计算结构中所有原子之间的所有非键相互作用

只有当“Summation method”方法设置为“Atom based”或“Group based”时，才会启用“Truncation”控件。

三次样条截断必须应用于周期系统，或者如果使用基于组的求和。因此，当周期性系统在范围内或“Summation method”方法设置为“Group based”时，“None”选项不可用。

对于嵌入原子模型力场（FinnisSinclair，ZhouJohnsonWadley，SuttonChen，DaiKongLiLiLiu），只有三次样条截断方法可用。

Cutoff distance：指定截止距离，单位为Å，对于基于原子和基于基团的求和，相互作用能量设置为零。

只有当“Summation method”方法设置为“Atom based”或“Group based”时，并且“Truncation”设置为“Cubic spline ”时，“Cutoff distance”控件才可见并启用。

Ewald accuracy：指定Ewald总和的精度，单位为kcal mol-1。

只有当“Summation method”方法设置为“Ewald”时，Ewald精度控制才可见。

PPPM accuracy：指定PPPM方法的精度，单位为kcal mol-1。

只有当总和方法设置为PPPM时，PPPM精度控制才可见。

也可以使用“Energy”选项卡上的预设“Quality”设置来设置截止距离、Ewald精度和PPPM精度参数。有四种精度级别可用：“Coarse”、“Medium”、“Fine”和“Ultra-fine”。下表列出了与这些精度水平相关的值。

如果为这些设置中的任何一个输入自己的值，“Quality”将在“Energy”和“Setup”选项卡上显示为“Customized”。

氢键的非键截止距离与为能量计算选择的精度设置无关，因此无法使用“Energy”选项卡上的“Quality”进行设置。

Spline width：当三次样条截断方法用于基于原子和基于群的求和时，指定非键相互作用从其全值到零的区域的大小，单位为Å。样条曲线宽度为零将关闭样条曲线插值，相当于直接截断。

只有当“Summation method”方法设置为“Atom based”或“Group based”，并且“Truncation”设置为“Cubic spline”时，“Spline width”控件才可见并启用。

Repulsive cutoff：指定截止值，单位为Å，用于截断Ewald求和对范德华能量的排斥贡献。

只能为范德华相互作用的Ewald求和指定排斥截止，因此只有当从对话框顶部的列表视图中选择vdW并且求和方法设置为Ewald时，排斥截止控制才可见并启用。

Buffer width：指定创建非键邻居列表时要使用的缓冲区的大小，单位为Å。当任何交互对移动超过该距离的一半时，将重新创建邻居列表（如果使用）。这不会影响任何计算值，但会影响计算时间。

如果“Truncation”设置为“None”，则“Buffer width”控件将被禁用。

Apply long range correction：如果选中此选项，则应用校正以考虑范德华项的截断。

如果“Summation method”方法设置为基于原子或基于组，并且仅对三维周期性系统启用，则此控件可见。对于嵌入式原子模型力场，它总是被禁用（FinnisSinclair，ZhouJohnsonWadley，SuttonChen，DaiKongLiLiu）。

Use lookup table：如果选中，这将通过预先计算静电相互作用的真实空间部分的查找表来加速力计算。

如果求和方法为Ewald或PPPM，并且仅对3D周期性系统启用，则此控件可见。