输出参数设置

nstxout (0) [steps]

将坐标写入输出轨迹文件（trr）的间隔步数，最后一个坐标始终写入，除非为0，当然这意味着坐标未写入轨迹文件。

nstvout (0) [steps]

将速度写入输出轨迹文件（trr）的间隔步数，其余同上。

nstfout (0) [steps]

将力写入输出轨迹文件（trr）的间隔步数，其余同上。

nstlog (100) [steps]

将能量写入日志文件的间隔步数，始终写入最后的能量。

nstcalcenergy (100)

计算能量的间隔步数，0代表不计算。此选项仅与动力学相关。此选项会影响并行模拟的性能，因为计算能量需要所有进程之间的全局通信，这可能成为高并行化的瓶颈。

nstenergy (1000) [steps]

将能量写入能量文件的间隔步数，始终写入的最后一个能量。该值应为 nstcalcenergy 的倍数。请注意，每一步 MD step 的精确和（sums）以及波动（fluctuations）模 nstcalcenergy 的值都存储在能量文件中，因此当 nstenergy>1 时，gmx energy 也可以报告精确的能量平均值和波动。

nstxout-compressed (0) [steps]

使用有损压缩（xtc）写入位置坐标的间隔步数步数，0表示不写入压缩坐标输出。

compressed-x-precision (1000) [real]

写入压缩轨迹文件（xtc）的精度。

compressed-x-grps

写入压缩轨迹文件的索引组，默认情况下写入整个系统（如果 nstxout compressed>0）

energygrps

将该组的短程非键合势能写入能量文件（不支持GPU）（5.0.4版本说明中该条为：写入能量文件的索引组）。