强制旋转-设置

rotation

这些 mdp 参数可用于强制一组原子的旋转，例如蛋白质亚基。参考手册详细描述了可用于实现这种旋转的13种不同势。

no: 不应用强制旋转。所有强制旋转选项都将被忽略（如果存在于 mdp 文件中，则会生成警告）。

yes: 将 rot-type0 指定的旋转势应用于 rot-group0 选项下给定的原子组。

rot-ngroups (1)

旋转组的数量。

rot-group0

索引文件中旋转组0的名称。

rot-type0 (iso)

应用于旋转组0的旋转电势类型。可以是以下类型：iso、iso-pf、pm、pm-pf、rm、rm-pf、rm2、rm2-pf、flex、flex-t、flex2 或 flex2-t。

rot-massw0 (no)

使用质量加权旋转分组位置。

rot-vec0 (1.0 0.0 0.0)

旋转向量，将被归一化。

rot-pivot0 (0.0 0.0 0.0) [nm]

是选择iso、pm、rm 和 rm2的支点。

rot-rate0 (0) [degree ps-1]

组0的参考旋转速率

rot-k0 (0) [kJ mol-1 nm-2]

组0的力常数

rot-slab-dist0 (1.5) [nm]

柔性轴旋转类型的板块距离

rot-min-gauss0 (0.001)

要计算的力的高斯函数的最小值（截断值）（用于柔性轴势能）

rot-eps0 (0.0001) [nm2]

附加常数 epsilon 的值，用于 rm2* 和 flex2* 势能。

rot-fit-method0 (rmsd)

确定旋转组的实际角度时所用的拟合方法（可用选项：rmsd，norm 或 potential）。

rot-potfit-nsteps0 (21)

对于 potential 拟合类型，计算旋转势能所用的绕参考角的角度位置数。

rot-potfit-step0 (0.25)

对于 potential 拟合类型，两个角度位置之间的距离，以度为单位。

rot-nstrout (100)

旋转组的角度，力矩以及旋转势能的输出频率（单位：步）。

rot-nstsout (1000)

柔性轴势的每个板块数据，即角度，力矩和板块中心的输出频率。