热导率NEMD

#模拟体系在xyz三个方向的尺寸

variable  x equal 10

variable  y equal 10

variable  z equal 20

#晶格

variable  rho equal 0.6

#温度

variable        t equal 1.35

#截断半径

variable  rc equal 2.5

#模型参数，lj单位

units    lj

atom_style  atomic

#生成box、填充原子

lattice    fcc ${rho}

region    box block 0 $x 0 $y 0 $z

create_box  1 box

create_atoms  1 box

mass    1 1.0

#温度初始化

velocity  all create $t 87287

#力场参数设置，lj力场

pair_style  lj/cut ${rc}

pair_coeff  1 1 1.0 1.0

#近邻列表定义

neighbor  0.3 bin

neigh_modify  delay 0 every 1

#设置热源、冷源区域

region          hot block INF INF INF INF 0 1

region          cold block  INF INF INF INF 10 11

#计算冷热源区域温度

compute         Thot all temp/region hot

compute         Tcold all temp/region cold

#nvt下进行平衡模拟

fix             1 all nvt temp $t $t 0.5

thermo          100

run             1000

#调整温度达到设定温度

velocity  all scale $t

unfix    1

#设定nve系综

fix    1 all nve

#热源处持续输入热量

fix             hot all heat 1 100.0 region hot

#冷源处持续抽走热量

fix             cold all heat 1 -100.0 region cold

#设定热力学参数输出

thermo_style    custom step temp c_Thot c_Tcold

thermo          1000

#运行10000步

run             10000

#计算原子动能

compute    ke all ke/atom

#根据原子动能计算原子温度

variable  temp atom c_ke/1.5

#沿z方向进行切块，把原子划入到不同的块中

compute         layers all chunk/atom bin/1d z lower 0.05 units reduced

#计算块内原子温度

fix    2 all ave/chunk 10 100 1000 layers v_temp file profile.heat

#计算温差

variable        tdiff equal f_2[11][3]-f_2[1][3]

#计算平均温差

fix             ave all ave/time 1 1 1000 v_tdiff ave running start 13000

#输出平均温差

thermo_style    custom step temp c_Thot c_Tcold v_tdiff f_ave

#运行20000步

run             20000