石墨烯单轴拉伸之deform方式

#---------1 基本参数--------------------------------------

units                metal

dimension            3

boundary            p p p

neighbor            0.3 bin

neigh_modify        delay 0

timestep            0.001

#---------------------------------------------------------

#---------2 建模------------------------------------------

region                box block 0 50 0 50 -5 5 units box

create_box            3 box

lattice custom 2.4768 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.732 0.0 a3 0.0 0.0 1.3727 &

basis 0.0 0.33333 0.0 &

basis 0.0 0.66667 0.0 &

basis 0.5 0.16667 0.0 &

basis 0.5 0.83333 0.0

region                 graphene block 0 50 0 50 -1 2 units box

create_atoms        1 region graphene

mass                * 12

region                left block INF 4 INF INF INF INF units box

group                left region left

region                right block 46 INF INF INF INF INF units box

group                right region right

group                boundary union left right

group                mobile subtract all boundary

set                    group left type 2

set                    group right type 3

#------------------------------------------------------

#------------3 势函数设置------------------------------

pair_style            airebo 3.0 0 0

pair_coeff             * * CH.airebo C C C

#------------------------------------------------------

#------------4 能量最小化------------------------------

min_style             cg

minimize            1e-10 1e-10 5000 5000

#------------------------------------------------------

#------------5 温度初始化------------------------------

velocity mobile create 300 4928459 dist gaussian units box

velocity left set 0.0 0.0 0.0 units box

velocity right set 0.0 0.0 0.0 units box

#------------------------------------------------------

#------------6 计算设置--------------------------------

compute    1 all stress/atom NULL

compute    2 all reduce sum c_1[1] c_1[2]

variable   CorVol equal ly*lx*3.35

variable   sigmaxx equal c_2[1]/(v_CorVol*10000)

variable px equal -pxx/10000

#应变

variable l_x equal lx

variable lx0 equal ${l_x}

variable strain equal (lx-v_lx0)/v_lx0

#------------------------------------------------------

#------------7 结构弛豫--------------------------------

fix                    1 boundary setforce 0 0 0

fix                    2 all npt temp 300 300 0.01 iso 0 0 0.1

thermo                1000

thermo_modify       lost ignore

dump                1 all atom 1000 relax.lammpstrj

run                    10000

unfix                2

undump                1

reset_timestep        0

#------------------------------------------------------

#------------8 拉伸设置--------------------------------

thermo_style custom step press v_strain v_px v_sigmaxx temp lx ly lz vol

thermo                100

fix                    2 all nvt temp 300 300 0.01

fix                    3 all deform 200 x erate 0.05 remap x

dump                1 all atom 500 algp.lammpstrj

run                 10000