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5.1结构模型

时间:2025-06-09     作者:邱新龙翻译【转载】   来自:VESTA官网   阅读

侧板样式选项卡中的结构模型框架框(图5.1)包含控制结构模型表示的常用工具。同样的选项也可以通过选择“Objects”菜单下的Model项来使用。对于不包含结构模型的数据,禁用此框架框。

 

5.1.1需要显示的对象

Show model显示模型

此选项控制结构模型的可见性。选中此选项(默认)时,一个结构模型是可见的;否则,不显示结构模型。当您希望仅查看包含结构模型和体积模型的数据的等值面和截面时,取消选中此选项。

 

Show dot surface显示点状表面

在球棍、线框和棒状模型中,如果选中Show dot surface,点面球体的半径与用户指定半径的100%相对应,与空间堆积模型的方式相同(图5.2)。这种模式被设计用来强调原子的外表面。每个球体都被表示成好像是一个中空的外壳,表面上放置着许多点。点状表面与棒状模型的结合有助于理解分子中原子是如何相互结合的。点的密度由属性对话框的原子页面中的两个参数{Stacks}和{Slices}控制,与实心球体的方式相同。

 

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5.1:侧板样式选项卡中的结构模型框架框

 

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5.2:石英的晶体结构,用带点面的棍状模型表示。Si蓝色,O:红色。

 

5.1.2样式

2.2所述,VESTA通过五种不同的样式来表示晶体结构:球棍、空间堆积、多面体、线框和棒模型。当原子被绘制成球体时,除了空间堆积模型外,它们的半径对应于实际原子半径的40%,其中原子以实际原子半径渲染。原子的默认半径从三种类型中选择:原子半径、离子半径和范德华半径。每个元素的半径和半径类型在原子页的属性对话框中指定(参见第12.1.2节)。下面描述了每种结构模型的特征,右侧是石英[49]的结构截图。

 

“Ball-and-stick球棍”

“球棍”模型中,所有原子都表示为实心球体或位移椭球。化学键要么用圆柱体表示,要么用直线表示。

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“Space-filling空间堆积”

空间堆积”模型中,原子被绘制为相互贯穿的实心球体,半径在属性对话框中的原子选项卡中指定(参见第12.1.2节)。这一模型对于理解原子在结构中堆积在一起是很有效的。

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“Polyhedral多面

在多面体模型中,晶体结构由配位多面体表示,其中中心原子、键和顶点原子也可能包括在内。中心和顶点原子之间的键必须用键对话框搜索,以显示包含它们的配位多面体。原子表示为实心球体或位移椭球。键可用圆柱体或直线表示。不用说,配位多面体的透明度必须足够高,才有可能看到中心的原子和键。在“Properties”对话框的“多面体”选项卡中指定了表示多面体的六种不同样式中的一种(参见12.1.4节)。

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Wireframe线框

在线框模型中,未成键原子绘制为线框球体,而与其他原子成键的原子则不绘出。所有的键都呈现为具有梯度颜色的线条。这种模型可用于观察和操作复杂和/或大型结构,因为通常该模型可以最快速在屏幕上完成结构渲染

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“Stick棒状

在棒状模型中,未成键原子绘制为实心球体,与其他原子成键的原子则不绘出。所有化学键以圆柱形表示,其性质可以在Properties对话框中的Bonds选项卡中修改(见第12.1.3节)。该模型可用于观察框架或分子构型。

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Displacement ellipsoids位移椭圆体

在球棍和多面体模型中,原子可以渲染为位移椭球。椭球中包含原子的可能性,也可以在属性对话框中进行设置(见第12.1.2节)。

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