8.1搜索化学键的规范

8.1.1搜索模式

搜索模式化学键，或者以化学键相连接的原子，可以使用以下三种搜索模式之一进行搜索：

Ø Search A2 bonded to A1搜索与A2连接的A1:根据用户指定的最小和最大原子间距离：{ Min. length }和{ Max. length }搜索与A1原子相连的A2原子。

Ø Search atoms bonded to A1搜索与A1连接的原子:不论A2原子的种类，所有与A1原子结合的原子都是根据用户指定的{ Min. length }和{ Max. length }进行搜索。

Ø Search molecules搜索分子:所有的原子对都是基于用户指定的{ Min. length }和{ Max. length }来搜索的。此选项中没有指定A1和A2。这种模式最适合在分子晶体中寻找原子和化学键。

8.1.2边界模式

Boundary mode指定搜索原子的范围。基本上，原子和化学键是在沿x、y、z轴的范围定义的绘图边界内，通过可选的截止平面搜索的（见第10.1节）。然而，在选择适当的边界模式时，还需要在绘图边界之外寻找原子和键，这样就包含了配位多面体或分子中的所有原子。

Ø Do not search atoms beyond the boundary不搜索边界外的原子：仅搜索绘图边界范围内的原子。

Ø Search additional atoms if A1 is included in the boundary如果A1包含在边界中，则搜索附加原子：即使A2原子的位置在绘图边界之外，也将搜索所有与A1原子键合的A2原子。如果A2和A1原子均位于边界内外，则不搜索A1原子。这种模式是Search A2 bonded to A1和Search atoms bonded to A1模式的默认设置。

Ø Search additional atoms recursively if either A1 or A2 is visible如果A1或A2可见，则递归地搜索附加原子：如果已经搜索A1或A2，则搜索所有A1和A2原子对。当在无机晶体中使用这种模式时，要小心可能产生的化学键无限连接。此模式是Search molecules模式的默认值。

8.1.3选项

•“Search by label按标签搜索”选择此选项后，原子对由位点的标签指定。当未选中此选项时，由元素符号指定原子对。

•“Show polyhedra显示多面体”该选项指定A1原子为配位多面体的中心原子。该选项对“Search molecules搜索分子”模式下的键规格没有影响，因为在该模式下不会搜索配位多面体。

8.1.4原子对

原子A1和A2可以通过输入元素符号或位点名称指定。如果未勾选Search by label选项，则 { A1 }和{ A2 }列表框列出原子的元素符号 (默认)。另一方面，如果勾选了Search by label选项，则{ A1 }和{ A2 }列表框列出位点标签。

最小键长和最大键长，{ Min. length }和{ Max. length }，都是以Å为单位输入的。虽然{ Min. length }通常设为零，但当处理具有分裂原子模型的无序结构时，由于其可能具有类似很短的化学键，可将{ Min. length }设置为正值。