1.4分析GULP结果

当作业已完成并且所有输出文件已成功下载到合适的结果文件夹时，可以开始分析GULP结果。

注意：从通过网关在服务器上运行的已完成GULP作业成功下载输出文件后，结构和/或力场库将自动更新，同时创建轨迹文件（如果适用）。对于在独立模式下运行的作业，这种情况不会自动发生。所有其他分析功能必须使用GULP分析对话框上的控件手动执行。

1.4.1显示轨迹和图表数据

根据执行的计算类型，GULP运行可能会生成轨迹文档和一个或多个图表文档。这些文档彼此之间有着特殊的关联，因为图上的每个点都对应于轨迹中的一个帧。

无论何时运行几何优化或动力学计算，GULP都会生成轨迹（.xtd）文件。在所有情况下，优化的历史记录都会在一个名为[seedname（计算命名时的文件名）].xtd的文件中返回。

当你运行几何优化时，会生成两个图表文档：

l [seedname]Energies.xcd-包含总能量与优化步骤的关系图

l [seedname]Convergence.xcd-包括以对数尺度显示，总能量变化和梯度与优化步骤的关系（还显示了几何优化运行的收敛标准）

当你运行分子动力学模拟时，会生成三个或四个图表文件（取决于模型的维度）：

l [seedname]Constant.xcd-包含运动常数与模拟时间的关系图。

l 运动常数的性质取决于所使用的系综，在最简单的NVE情况下，它只是总能量。更复杂的组合将恒温器和气压计的贡献添加到总能量中，以构成运动常数。

l [seedname]Energy.xcd-包含动能和势能与模拟时间的关系图

l [seedname]Temperature.xcd-包含温度与模拟时间之间的关系图

l [seedname]Pressure.xcd-包括压力与模拟时间之关系图（仅适用于3D周期性结构）

1.4.2创建轨迹和图表

当你通过Materials Studio界面运行GULP时，这些轨迹和图表的创建和显示是自动的。如果选中GULP作业控制选项对话框上的“自动查看输出”复选框，则图形将在运行完成时自动显示。如果选中“更新图形”，则在整个计算过程中，这些图形将显示并更新为中间结果。

你可以使用GULP用户界面为以独立模式运行的作业生成图表文件。

1.4.2.1从独立计算生成的输出文件创建图表

1.使用在独立模式下运行GULP中描述的过程，将文件从计算服务器下载到你的电脑。你应该确保已从服务器检索到所有输出文件。

2.从菜单栏中选择Modules | GULP | Analysis（模块|GULP |分析）以显示GULP Analysis（GULP分析）对话框。

3.从对话框顶部的选项列表中选择“能量演化”。

4.确保独立计算中的.gout文件是当前活动的文档。

5.单击“查看”按钮。

如果使用Materials Studio界面设置和启动作业，则可以按照类似的过程重新生成图表文档。

1.4.2.2重新生成图表

1.从菜单栏中选择Modules | GULP | Analysis（模块|GULP |分析）以显示GULP Analysis（GULP分析）对话框。

2.从对话框顶部的选项列表中选择“能量演化”。

3.确保当前文档是结果文件夹中的3D结构文档，或者是相应计算中的.gout文件。

4.单击“查看”按钮。

通过将结果文件下载到计算机，可以为在独立模式下运行的GULP作业创建轨迹。GULP使用扩展名为.trg的隐藏二进制文件中的信息来创建用于几何优化或动力学计算的轨迹文件。轨迹数据保存在结果文件夹[seedname].trj中的一个隐藏文件中。该文件包含结构演变的完整细节，包括能量的变化。

1.4.3从独立计算生成的输出文件创建轨迹的步骤

1.使用在独立模式下运行GULP中描述的过程，将文件从计算服务器下载到你的电脑。请确保检索.check、.gout和.geom或.md文件。

2.从菜单栏中选择Modules | GULP | Analysis（模块|GULP |分析）以显示GULP Analysis（GULP分析）对话框。

3.从对话框顶部的选项列表中选择“结构”。

4.确保独立计算输出的三维结构文档为活动文档。

5.单击“创建轨迹”按钮。

可以使用“动画”工具栏上的控件为轨迹文件设置动画。

如果你可以访问Forcite模块，你可能会发现它的一些动力学、统计和结构分析功能对分析轨迹很有用。有关详细信息，请参阅使用强制分析主题。

1.4.4设置轨迹动画

可以使用“动画”工具栏上的控件设置轨迹动画，逐步遍历文档的每个帧。如果图表在动画过程中打开，则与活动帧相对应的点将高亮显示。

1.4.5图表查看器点选择

或者，你可以使用图表查看器点选择来显示从图表文档中选择的点的轨迹帧。

1.4.6在图表文档上显示点的轨迹框

1.选择“图表查看器”工具栏上的“选择”工具以进入选择模式。

2.确保打开了相应的轨迹文档，在图表文档上选择一个数据点。将显示相应的轨迹框。

3.将鼠标拖动到图表文档上的其他数据点上，以显示其相应的轨迹帧。

4.如果GULP生成了多个图表文档，则所有图表文档上都会突出显示相关数据点。

提示：为了更容易地查看图表和轨迹文档，请关闭所有其他文档，然后通过从菜单栏中选择窗口|垂直平铺来最大化这两个文档的大小。

1.4.7显示光学性质

使用GULP分析，你可以计算并显示所研究结构的一系列频率相关光学性质。

1.从菜单栏中选择Modules | GULP | Analysis（模块|GULP |分析）以显示GULP Analysis（GULP分析）对话框。

2.从选项列表中选择光学性质。

3.确保包含GULP计算的输出结构的3D Atomistic文档是当前活动的文档。

4.从样本下拉列表中选择应计算光学性质的样本类型。如果你要求单晶的光学性质，请根据实际空间笛卡尔矢量指定辐射的入射方向和反射方向。对于正入射情况，这两个矢量应该是相同的。

5.从“功能”下拉列表中选择要绘制的光学特性。

6.指定频率范围，以便在频率起始和终止字段中显示。

7.在频率分辨率控件中指定绘图上数据点之间的间隔。此设置决定打印的质量。

8.为Γ指定一个值，Γ是经典振荡器模型的振荡器阻尼参数，用于根据声子频率和振荡器强度生成光学性质。当拟合实验数据时，典型的振荡器阻尼值落在2^-10cm^-1的范围内。

9.单击“查看”按钮以生成所需的绘图。

1.4.8显示声子性质

使用GULP分析，你可以计算并显示所研究结构的声子性质。

1.从菜单栏中选择Modules | GULP | Analysis（模块|GULP |分析）以显示GULP Analysis（GULP分析）对话框。

2.从选项列表中选择“Phonons”。

3.确保包含GULP计算的输出结构或GULP输出文件的3D Atomistic文档是当前活动文档。

4.单击“查看声子色散”按钮，生成沿高对称方向的声子频率图。

5.单击“查看声子DOS”按钮生成声子态密度图。

1.4.9显示热导率图表

使用GULP分析，你可以计算并显示所研究结构的热导率的温度依赖性图表。该图表包含总导热系数。

当计算设置允许在声子寿命近似中评估传播声子的贡献时，图表中还显示了来自高频扩散器和传播声学低频声子的单独贡献。

注意：如果仅在一个温度下进行热导率计算，则“查看”按钮将被禁用，并且结果选择器中不会显示任何结果文件名，因此图表创建将不合适。在这种情况下，你应该在GULP输出文件中搜索热导率值。

1.从菜单栏中选择Modules | GULP | Analysis（模块|GULP |分析）以显示GULP Analysis（GULP分析）对话框。

2.从选项列表中选择热导率。

3.确保包含GULP计算的输出结构或GULP输出文件的3D Atomistic文档是当前活动文档。

4.单击“查看”按钮，在GULP热导率对话框上为原始计算指定的温度范围内生成热导率图。