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4.1.1.1.5 param.json需要修改内容一般来说,这个文件夹内的大部分参数不用调节,主要需要修改的包括: "type_map": ["Be, Cu"],元素信息; "mass_map": [9.012182, 63.546],质量; "init_data_prefix": "/home/zxg/BeCu/dpgennew/deepmd_file/", "init_data_sys": [ ],训练集内容; "sys_configs_prefix": "/home/zxg/BeCu/dpgennew/pertub_stru_file/","sys_configs": [ ],测试集内容; "type_map": ["Be, Cu"],训练中的元素信息; "decay_steps":和"numb_steps":训练步数和更新信息时间,一般"decay_steps/numb_steps=200",即训练步数内进行200次调整。 "model_devi_dt": 0.002,#LAMMPS模拟是使用步长0.02fs "model_devi_skip": 1000,#跳过前期的不稳定构型 "model_devi_f_trust_lo": 0.15,#力的偏差下限 "model_devi_f_trust_hi": 0.35,#力的偏差上限 "model_devi_jobs": [ {"sys_idx": [0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15], "temps":[50, 250, 450, 650], "press": [0, 100, 1000, 5000, 10000], "trj_freq": 10, "nsteps": 2000, "ensemble": "npt-tri", "_idx": "00"},],#迭代次数和迭代是LAMMPS计算需要的设置,包括模拟构型、温度、压力、抽样频率、模拟步数、系综等信息。 "fp_task_max": 60,#抽样不准构型随机挑选多的构型进行DFT的scf计算(越多越耗时,太少可能不准) "fp_task_min": 5,#抽样时最低不准构型个数,如果少于这个数则不抽样 "fp_pp_path": "/home/zxg/BeCu/SG15_v1.0_ONCVPP_and_Orbitals/",#势函数文件位置 "fp_pp_files": ["Be_ONCV_PBE-1.0.upf","Cu_ONCV_PBE-1.0.upf"],#势函数文件位置 "fp_orb_files": ["Be_gga_10au_100Ry_4s1p.orb","Cu_gga_9au_100Ry_4s2p2d1f.orb"],#势函数文件位置 "user_fp_params":{}#ABACUS输入中需要添加的参数,最好跟init的计算一致。 "symmetry": 0, "basis_type": "lcao", "ecutwfc": 100, "scf_nmax": 100, "smearing_method": "gauss", "smearing_sigma": 0.002, "mixing_type": "pulay", "mixing_beta": 0.7, "kspacing": 0.08, "cal_force": 1, "cal_stress": 1 目前以我的理解来看ABACUS做SCF计算和做MD计算使用的默认参数是一样的(不确定完全准确,待验证) 作者:朱雪刚 邮箱:xuegangzhu@qq.com; 工作单位:石家庄学院 理学院/北京科学智能研究院(AISI)访问学者2023.07-2024.09,访问导师北京大学陈默涵; 徐张满仓 邮箱: xuzhangmancang@dp.tech 截止2024.07.21录制视频教程已上传至Bohrium的课程《DeePMD应用案例讲解:铜原子掺杂铍晶体的机器学习势函数拟合过程演示》网址: https://bohrium.dp.tech/courses/1075495070?tab=courses 后续会在Bohrium平台更新 注意:后续的更新,大部分会在Bohrium课程平台进行,请看教程入门的同学加入课程进行学习;且录制的视频课程会把一些个人观点给加入,从个人观点来看比文字教程的内容更多 写教程内容讨论QQ群:143276924 DPGEN+ABACUS教程准备; ABACUS软件的QQ群:759914681,群内有专职开发人员,目前ABACUS提问问题以github的issue为主,群内可作为辅助提问。 欢迎大家推广本教程,让更多的dp入门学习者有个参考,目前2024.09.16我联系的微信公众号推广是 lammps加油站的小马老师(我也报名了小马老师的一对一辅导)。当然也看到lammps爱好者在转发推广。感谢大家公众号的推广。 |