Packmol的官网https://m3g.github.io/packmol/
参照案例
tolerance 2.0 #表示原子间的距离不能小于2.0A
add_box_sides 1.2 #表示给盒子的方向增加1.2A，目的是为了避免边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触
output xx1.pdb #表示输出xx1.pdb文件，
structure xx2.pdb #表示输入xx2.pdb结构
number xxx #表示输入的xx2.pdb一共xxx个数目
inside box x y z #表示输入盒子的尺寸，可用的盒子cube/box/sphere/cylinder，其中inside与outside可换，还可使用over(或below) plane/constrain_rotation/fixed
end structure #结束xx2.pdb输入结束
structure xx3.pdb
number xxx
atoms xxx # 原子规则，原子xxx号服从下面的规则
inside box x y z
end atoms #原子规则结束
end structure
*filetype xyz 表示可以输出文件类型xyz
*seed -1 表示每次运行产生的结构都会不同
inside cube [xmin ymin zmin d]：要求分子出现在长度为d的立方盒子内，盒子x,y,z最小值为xmin ymin zmin
inside box [xmin ymin zmin xmax ymax zmax]：要求分子出现在矩形盒子内，盒子两个顶角坐标分别为xmin ymin zmin和xmax ymax zmax
inside sphere [x y z r]：要求分子出现在中心为(x,y,z)半径为r的圆球中。另外，用inside ellipsoid关键词的话还可以要求出现在特定的椭球中
inside cylinder [a1 b1 c1 a2 b2 c2 r l]：要求分子出现在圆柱内。圆柱的定义是从(a1,b1,c1)往(a2,b2,c2)方向伸展l长度，半径为r
inside ellipsoid a1 b1 c1 a2 b2 c2 d：坐标(a1,b1,c1)定义椭球面的中心, 坐标(a2,b2,c2)定义坐标轴的相对大小, d定义椭球的大小.
以上inside都可以改为outside，要求不能出现在指定范围内。上面的空间范围要求可以同时使用多个，条件会同时满足。还有一些设置：
over plane [a b c d]：要求分子出现位置满足平面方程ax+by+cz-d>=0。比如over plane 1 0 0 10.5就相当于要求出现在x>=10.5埃的区域。over可以改成below来反转条件。
constrain_rotation [x/y/z 平均值 最大偏差]：默认情况下分子可以绕x,y,z轴随意旋转任意角度。用这个选项可以设置分子绕x或y或z旋转的情况，可以同时设多个。如constrain_rotation x 20 5代表允许绕着y和z轴随意旋转，而绕着x轴旋转的范围必须在15~25度之间，平均值为20度。
fixed [x y z a b c]：用来直接定义分子出现在哪里。此设置代表将分子结构文件里的坐标平移(x,y,z)，并绕x,y,z轴分布旋转a,b,c弧度。如果还同时写了center关键词，相当于把分子的中心摆到(x,y,z)位置再旋转
*packmol < xxx.inp运行输入 用cmd运行，powershell和gitbash没有数据库无法使用
