vmd作图基础设置

#用vmd打开结构后，直接使用该脚本，减少一些常用的调整，后续操作根据这个进行处理

# 初始化显示设置

display resetview               ;# 重置视图[1,6](@ref)

display projection Orthographic ;# 正交投影模式[9](@ref)

display rendermode GLSL         ;# 启用GLSL渲染[12,13](@ref)

axes location off               ;# 隐藏坐标轴[5,11](@ref)

color Display Background white  ;# 白色背景[1,12](@ref)

# 获取当前分子ID

set molID [molinfo top]

set num_reps [molinfo $molID get numreps]

for {set i 0} {$i < $num_reps} {incr i} {

    mol delrep 0 $molID

}

# 创建基础显示方案

mol delrep 0 $molID

mol representation lines  ;# 默认二级结构显示

mol material Edgy              ;# 统一材质设置[9](@ref)

mol addrep $molID

# 按残基名称分色处理

set resnames [lsort -unique [[atomselect $molID all] get resname]]

set colorID 0

foreach res $resnames {

    mol selection "resname $res"

    mol representation lines 1   ;# line模型显示

    mol color ColorID $colorID                ;# 按序分配颜色ID[7,10](@ref)

    mol material Edgy                         ;# 统一材质

    mol addrep $molID

    incr colorID  ;# 颜色ID递增

    if {$colorID > 33} {set colorID 0}  ;# 循环使用34种预设颜色

}

# 优化显示参数

display antialias on           ;# 启用抗锯齿

display depthcue off           ;# 关闭景深效果