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初步了解COSMOtherm蒸汽压力 溶剂化自由能 活度系数 分配系数 溶解度和固液平衡（SLE） 液液平衡（LLE）和汽液平衡（VLE） 相图 共沸物 混溶性间隙 过剩焓和过剩自由能 酸碱pKA 各种QSPR模型 反应常数 液体萃取平衡
从文本编辑器窗口复制文本或从工作区复制复合文本 将选定文本粘贴到文本区域，分别粘贴到工作区 在文本输出中查找搜索字符串 从文本输出中选择文本 在文本编辑器窗口中打开实际的输入文件。输入文件可以手动更改，例如在复合行中进行额外输入（更多信息：COSMOtherm参考手册）。可以保存输入文件或运行COSMOtherm。请注意，当使用COSMOthermX重新打开输入文件时，并不是所有的更改都可以读入。 打开一个新的工作区窗口
SVP：从复合数据库或文件系统中选择复合，或将复合列表级别集加载到SVP TZVP：从复合数据库或文件系统中选择复合，或将复合列表级别集加载到TZVP ZVPD-FINE：从化合物数据库或文件系统中选择化合物，或加载化合物。将TZVPD设置为精细 DMOL3：从化合物数据库或文件svstem中选择化合物，或加载化合物列表级别设置为DMOL3 我们建议使用TZVP或者TZVPD-FINE水平。这两个水平都基于DFT计算得到的分子结构，但TZVPD-FINE水平涉及使用TZVPD基组的额外QM能量计算。通常地TZVP级别的COSMOtherm计算速度更快，而TZVPD-FINE级别的计算速度稍好后果取决于所涉及的化合物数量、可用的计算机电源以及如果需要精度，其他级别可以更好地用于其他目的。DMOL3与TZVP差不多 LOAD COMPOUND LIST:可以使用此选项加载以前保存的化合物列表。保存的化合物浓度也将被加载，但不会自动应用。 SAVE COMPLETE COMPOUND LIST:使用此选项，可以将完整的复合列表保存到文件中以供以后使用。浓度也被保存下来。若要仅将选定的化合物保存到列表中，必须使用化合物列表上下文菜单中的“保存到化合物列表”选项。 RESTORE LIST CONCENTRATIONS:加载化合物列表后应用保存的列表浓度。打开列表时，保存的化合物浓度不会自动应用。 NEW COMPOUND:此选项允许在NEW compound工具中按名称、CAS-Number、SMILES或结构搜索化合物。它还提供了使用TURBOMOLE或COSMOconf生成新结构的可能性（如果已安装）。
NEW COMPOND工具是一种通用工具，用于将化合物添加到计算中。它还为数据库提供了一些高级搜索选项。 NEW COMPOND工具使用了免费的外部工具，这些工具尚未由COSMOlogic开发。 尽管我们仔细测试了它们，但我们不能保证所有提供的功能在所有可能的情况下都能顺利运行。在许多情况下，新化合物工具可用于设置COSMOtherm计算，这些计算涉及COSMO数据库中不易获得的化合物。 以下列表概述了一般选项： 按名称、CAS-Number、SMILES搜索所有数据库。 按化合物名称搜索免费的互联网数据库ChemSpider。 绘制二维或三维结构。使用结构启动量子力学COSMO计算或生成用于数据库搜索的SMILES字符串。 从文件加载结构。 将SMILES或二维结构转换为三维结构。此选项仅在搜索结果窗口中可用。 修改现有分子以生成新分子。
Start Search 在第一个窗口中，可以指定名称CAS-Number或SMILES来启动相应的数据库搜索。或者，可以绘制一个结构或从文件中提取一个分子。如果之前已经开始量子力学COSMO计算，您也可以直接转到QM结果面板。 搜索名称、SMILES、CAS-Number或绘制的2D结构将始终显示DB search Results窗口。预先将2D结构转换为SMILES字符串。 以上对乙醇的搜索导致了许多完美命中（绿色）和接近命中（黄色）。右栏显示了化合物是在哪个数据库中发现的。从结果列表中选择化合物后，有几个选项可用： 使用其中一个结构进行量子力学COSMO计算，以获得不同参数化级别的.COSMO文件。 使用结构进行二维或三维编辑，如果只发现了类似的分子，则非常有用。 将分子添加到化合物列表中以进行COSMOtherm计算。 互联网数据库ChemSpider可用于查找给定名称的SMILES。仅当搜索是以复合名称开始时，此选项才可用。 如果搜索是由SMILES或绘制的结构启动的，也可以选择将SMILES转换为三维结构。 如果搜索应使用三维结构或分子文件，则会打开三维分子编辑器。在构建或从文件打开三维几何体后，只有两个选项可用：使用该结构进行量子力学COSMO计算，或使用从三维结构生成的SMILES重新启动搜索。后一个选项对于搜索给定三维结构的数据库非常有用。
Start quantum mechanical calculations 如果在数据库中找不到请求的化合物，或者不符合所需的基准集水平（例如TZVP），则需要进行QM计算以生成适当的.commo文件。QM计算面板可以从数据库搜索结果或3D编辑器访问。 在QM计算面板中，您可以选择： 计算类型（仅气相、仅COSMO或气相和COSMO）。 输出文件类型。cosmo或.ccf可用于cosmo计算。选择.mcos将使用COSMOfrag而不是量子化学计算开始碎片化运行。 量子化学水平，对应于参数化水平（TZVP、TZVPD-FINE或SVP）。 单个一致性优化或一致性搜索。注意，根据分子大小和结构特征（例如可旋转键的数量），构象异构体搜索可能是耗时的。此外，conformer搜索需要COSMOconf安装。 使用START CALCULATION（NETWORK），QM计算也可以在远程机器上完成（仅限Linux）。 QM计算完成后，您可以将分子转移到您的化合物列表或其中一个数据库中。QM Results（质量管理结果）面板可从Starting（启动）窗口直接访问。请注意，为了以后在COSMOtherm中使用，化合物名称中不应使用空格。量子化学计算的两个选项（仅使用START CONFORMATION和CONFORMER SEARCH）都需要安装Turbomole。CONFORMER SEARCH选项还需要安装COSMOconf。如果在安装COSMOthermX后，在您的系统上可以找到Turbomole和COSMOconf，则路径将自动设置。两个程序的路径可以在QM CALCULATION面板或PREFERERENCES对话框的JOBS面板的相应文本区域中编辑。 本地计算机上的计算可以在没有进一步设置的情况下启动。唯一可以更改的参数是本地机器上使用的最大CPU数量（请参阅EXTRAS->PREFERERENCES）。 剩余的工作岗位将排队等候。远程作业需要安装TURBOMOLE，如果选择了CONFORMER SEARCH选项，则需要在远程计算机上安装COSMconf。只有Linux系统被支持作为远程机器。 当作业在远程机器上运行时，输入数据会传输到那里。完成后，将结果从远程系统复制回本地机器。对于大分子来说，这可能需要几秒钟的时间。由于GUI无法知道远程Linux系统的工作环境，因此用户必须定义设置。远程系统配置菜单可通过开始计算（网络）按钮或EXTRAS–PREFERERENCES菜单打开。有关详细信息，请参阅第3.5节。
RUN JOB (LOCAL): 实际输入文件将自动保存为当前文件名，并运行COSMOtherm。 RUN JOB (NETWORK):打开远程系统对话框，将实际输入文件发送到远程计算机以供运行。 RUN (EXTERNAL) INPUT:COSMOtherm计算可以使用外部输入文件运行，而无需在GUI中打开它。任何有效的COSMOtherm输入文件都可以运行。 STOP RUNNING JOBS: 可以选择并停止运行COSMOtherm作业。
可以从目录中选择COSMOtherm输出文件和表文件以及COSMOmic文件。或者，在“文件名”文本字段中键入文件名，然后按“打开”。 活动作业的输出文件和表文件将在工作区窗口的单独选项卡中打开。 活动作业的表格文件将在电子表格程序中打开（如果可用）VIEW AS TEXT：活动作业中的表格文件会在文本编辑器中打开。 活动作业的表格文件将以MS Excel格式保存。 默认情况下，只有列数被截断的汇总表才会显示在表编辑器中。使用此选项，将显示完整的结果表。 将显示摘要表。列的数目被截断，以便能够简明地表示结果。 输出文件可以以文本格式保存。
具有通用计算选项的面板，包括气相能量输入、单位、COSMOtherm输出打印选项、附加输出文件和程序控制选项。有关详细说明，请参见下文。 具有仅应用于指定属性计算的特殊选项的面板。对于单个特性计算，可以设置输出文件和表文件的打印选项，可以更改程序控制设置，还可以设置复合特定选项。“PROPERTY OPTIONS”对话框仅用于将选项应用于某个特性计算。因此，可以在单个COSMOtherm运行中使用不同的选项。有关详细说明，请参见下文。 此对话框允许用户单独或集体将选项应用于复合配置程序。选项可以在相应的conformer的文本区域中给出。 更改原子/键颜色、显示或隐藏标签、更改球体/圆柱体的平滑度等等。 打开“首选项”对话框，其中已经指定了一些设置：设置了COSMOtherm可执行文件的路径和COSMOtherm安装的CTDATA目录，并指定了量子化学水平的参数文件。此外，您还可以设置Adobe Acrobat Reader和web浏览器的路径。如果您打算将COSMO元文件（扩展名.mcos）用于片段方法，您还应该指定片段目录。设置QSPR属性目录的路径时，可以从中读取QSPR系数文件（扩展名.prp）。有关详细信息，请参见下文。 打开带有COMPONDS选项卡的PREFERERENCES对话框。此处指定了COSMOtherm版本附带的数据库。可以使用ADD databases添加其他数据库。有关添加自己的数据库的详细信息，请参阅“COSMO文件和数据库”一节。 可以导入其他COSMOthermX版本的设置。
COSMOVIEW:打开COSMOVIEW工具，该工具允许对COSMOtherm生成的.wrl文件进行可视化。有关更多信息，请参阅“使用COSMOview”一节。 COSMOWEIGHT：打开COSMOWEIGHT工具。有关原子权重和COSMO权重工具的信息，请参阅第9.3节。 COSMOBASEEDITOR：打开COSMOBASE编辑器，用于创建和管理化合物COSMO、气相能量和蒸汽压力/特性文件的数据库。有关详细信息，请参阅“COSMObase编辑器”一节。 NEW COMPOUND：打开新化合物工具，该工具可用于使用TURBOOLE或COSMOconf生成新结构（如果已安装）。它还允许通过名称、CAS-Number、SMILES或结构在数据库中搜索化合物。
与以前的COSMOthermX版本（最高版本C30_1301）中的视图类似地排列框架。“化合物”面板在内部移动到“属性”面板左侧的一个单独框架中。作业列表与主框架断开连接。 恢复主窗口中帧的默认排列。“作业”列表在主窗口中展开，“化合物”和“属性”面板排列在工作区窗口的选项卡中。 工作列表与主框架断开连接，工作区窗口被放大以填充整个主框架。 将工作场所的窗户排列在主窗户的瓷砖中。 在主窗口中以级联方式排列工作区窗口。
显示有关某些物理常数和转换因子的信息。 在COSMOtherm Examples子目录中打开文件浏览器。示例输入文件可以在COSMOthermX中打开和运行。有关可用示例输入文件的概述，请阅附录C：示例输入。 使用Adobe Acrobat Reader打开COSMOTHERM参考手册。 使用Adobe Acrobat Reader打开COSMOTHERX用户指南（本文档）。 在线检查可用的更新。 显示有关当前COSMOthermX版本的信息。 使用的外部库和软件工具的列表以及相应的许可条款。 COSMOlogic AppData子目录被删除，配置被重置为安装状态。
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