预处理参数

title

名称，随便什么都可以，不会对后面的选项造成影响。

title                    = Protein in water

表示你现在计算的标题是 Protein in water

cpp

预处理器cpp路径，该选项可有可无（如果你的cpp路径并非默认，那么你就需要设置该选项）。

cpp                      = /lib/cpp

如果你安装好软件就不要去管这个选项，使用默认

预处理器是能够在编译前处理源代码的程序

预处理器是一些指令，指示编译器在实际编译之前所需完成的预处理。所有的预处理器指令都是以井号（#）开头，只有空格字符可以出现在预处理指令之前。

预处理指令不是 C++ 语句，所以它们不会以分号（;）结尾。

我们已经看到，之前所有的实例中都有 #include 指令。这个宏用于把头文件包含到源文件中。

include

接包含 .top 文件的文件夹路径，格式为：-I/home/john/mylib 或 -I../otherlib，该选项可有可无（可以在grompp中使用-p topol.top完成）。

include                  = -I../top

这一条不需要去手动输入，也不需要在mdp中进行处理，直接在gmx grompp中-p xxx.top处理就可以了

define

传递给预处理器的定义，默认为无定义。可以借助该选项来调用拓扑文件中相应的设置。现可用选项有：

-DFLEXIBLE：告诉 grompp 在拓扑结构中包括柔性水而不是刚性水，这对简正模态分析很有用。

-DPOSRES：用于位置限制，告诉 grompp 启用 .top 文件中定义并引入的 posre.itp。此项应与 。

define                   = -DPOSRES  ; position restrain the protein

常用于进行位置限制处理，生成位置限制，生成该位置的posre.itp可以使用gmx genrestr命令进行生成

关于这个使用的名称必须参考top的命名，top 文件中所定义位置限制的名称一致，

例如 .top 文件中有 #ifdef POSRES_B 语句并引用了相应 posre.itp 文件，则若要启用该位置限制设置需要有 define = -DPOSRES_B

#ifdef POSRES

#include "posre.itp"

#endif

#ifdef POSRES_A

#include "posrea.itp"

#endif

可以根据你的需求进行选择需要进行的名称POSRES或POSRES_A，在名称前加-D

书写

[ moleculetype ]

; name          nrexcl

na       3

[ atoms ]

;  Index    type       residue  resname    atom      cgnr     charge       mass

     1    opls_na        1        Na      Na01      1      0.000000   22.989770

#ifdef POSRES

#include "posre.itp"

#endif 

#ifdef POSRES也可以同时给多个进行定义，如不同的[ moleculetype ]定义相同或者不同的#include "posre.itp"，但是#ifdef POSRES必须一样

但是需要注意posre里的序号对面的atom是的序号

define柔性限制

[ atomtypes ]

xxxxx 

[ moleculetype ]

; molname       nrexcl

SOL             2

[ atoms ]

; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass

xxxxxxx

#ifdef FLEXIBLE

[ settles ]

; i     funct   doh     dhh

1       1       0.08724 0.13712

#else

[ bonds ]

; i     j       funct   length  force.c.

1       2       1       0.08724 502416.0 0.08724        502416.0

1       3       1       0.08724 502416.0 0.08724        502416.0

[ angles ]

; i     j       k       funct   angle   force.c.

2       1       3       1       103.6   628.02  103.6  628.02

#endif