运动执行参数

tinit (0) [ps]

模拟起始时间（仅对基于时间的积分器有意义，如md/sd/bd）。

dt (0.001) [ps]

积分的步长（仅对基于时间的积分器有意义，如md/sd/bd）。

nsteps (0)

积分或最小化的最大步数，设 -1 则为无限大。

init-step (0)

设置起始步。第 i 步的时间由：t=tinit+dt*(init-step+i) 计算得。

自由能 lambda 计算为：lambda=init-lambda+delta-lambda*(init-step+i)。

非平衡MD参数也可能取决于步长。

因此，为了精确地重新启动或重跑部分，可能需要将 init-step 设置为重新启动帧的步数。

gmx convert-tpr会自动执行此操作。

simulation-part (0)

模拟可由多个组分组成，每个组分都有相应序号。此选项指定一个用于帮助跟踪逻辑上为相同模拟的组分的数字。此选项通常仅在处理文件丢失的崩溃模拟时有用（5.x无此功能）。

mts

（multiple timing-stepping，2022.2 新增）

no: 估算每个积分步骤的所有力。

yes: 按照 mts-level2-forces 的规定，每 mts-level2-factor 个积分步使用 multiple timing-stepping integrator 估算相应力。其他所有力在每一步均被估算。MTS目前仅支持 integrator=md。

mts-levels (2)

mts 方案的级别数。目前只支持2个。

mts-level2-forces (longrange-nonbonded)

仅在每个 mts-level2-factor 步骤中评估的一个或多个力组列表。

支持的条目有：远程非键、非键、配对、二面体、角度、牵引（longrange-nonbonded, nonbonded, pair, dihedral, angle, pull）和 awh。

选择 pair 则使用 mts 估算列出的配对力（例如1-4）。

使用 dihedral 时，将选择所有二面体，包括cmap。

其他所有力，包括所有约束，都将在每一步都进行评估和整合。

当 PME 或 Ewald 用于静电和/或 LJ 相互作用时，此处不能忽略长程非键（longrange-nonbonded）。

comm-modeLinear: 移除质心平动速度。

Angular: 移除质心平动及转动速度。

Linear-acceleration-correction: 移除质心平动速度。假设在 nstcomm 步长上使用线性加速度以校正质心位置。

这对于我们希望模拟质心上有（在 nstcomm 步长上几乎恒定的）加速度的情况非常有用，例如使用绝对参考系进行牵引模拟时。

None: 质心运动不受限制。

计算蛋白与配体的情况下，考虑comm-mode=Linear/Angular    comm-grps=Protein，该方法只是为了让轨迹看上去好看，

但是该方法会存在一个偏执力给到蛋白，因此可能存在不好的影响，因此如果选择None其实也没有啥问题，只是分析的时候去除质心影响干扰，

比如gmx rms 使用-fit

比如gmx msd使用-rmcomm

溶液体系，或者蛋白都需要进行平移的时候，只能选择comm-mode=Linear  comm-grps=默认即可，就是system

模拟中，如果我们不约束或去除质心运动，整个系统的质心可能会随时间发生漂移。

这在物理上是不合理的，因为在没有外力作用的情况下，系统的质心应该保持静止或以恒定速度移动。去除质心运动可以避免这种不希望的漂移。

质心运动不反映系统内部真实的动力学过程，而是整个系统作为一个整体的运动。这种运动对于研究系统内部的相互作用和局部动力学是没有意义的。

通过去除质心运动，我们专注于系统内部的局部相互作用和运动。

nstcomm (100) [steps]

质心运动移除频率。

comm-grps

用于移除质心运动的组，默认为整个系统。