退火模拟参数

annealing

每个温度组的退火类型。

no: 无模拟退火，仅耦合到参考温度值。

single: 单个退火点序列。如果模拟时间长于最后一个时间点，则在退火顺序达到最后一个时刻后，温度将耦合到此恒定值。

periodic: 一旦达到最后一个参考时间，退火将在第一个参考点重新开始。重复此操作，直到模拟结束。

annealing-npoints

每个温度组使用的退火参考/控制点数量列表。未退火的组使用0。其数量应等于温度组的数量。

annealing-time

每组退火参考/控制点的时间列表。如果您使用的是周期性退火，则将使用时间对最后一个值进行取模，即如果值为0、5、10和15，则耦合将在 15ps、30ps、45ps 等之后以 0ps 值重新开始。其数量应等于 annealing-npoints 中给出的数字之和。

annealing-temp

每组退火参考/控制点的温度列表。其数量应等于 annealing-npoints 中给定的数量之和。

对GROMACS中的每个温度组分别控制模拟退火。参考温度是一个分段线性函数，但您可以为每个组使用任意数量的点，并为每个组选择单个序列或周期行为。

实际退火是通过动态改变所选恒温器算法中使用的参考温度来执行的，因此请记住，系统通常不会立即达到参考温度！

假设您有两个温度组，

将两组设置为 annealing = single periodic

每组退火的点数 annealing-npoints = 3 4

退火时间 annealing-time = 0 3 6 0 2 4 6

最后将温度设置为 annealing-temp = 298 280 270 298 320 320 298。

第一组将在 0ps 时耦合到 298K，但参考温度将在 3ps 时线性下降到 280K，然后从 3ps 到 6ps 在 280K 和 270K 之间线性变化。在 270K 下保持恒定。

第二组在 0ps 时耦合到 298K，在 2ps 时线性增加到 320K，在 4ps 之前保持不变。在 4ps 和 6ps 之间，它下降到 298K，然后又以相同的模式重新开始，即在 6ps 和 8ps 之间从 298K 线性上升到 320K。