质心牵引-分组

pull-group1-name

牵引组的名称, 在索引文件或默认组中查找, 以获得涉及的原子.

pull-coord1-groups

与此牵引坐标将对应的组索引。所需的组索引数取决于 pull-coord1-geometry。第一个索引可以是0，在这种情况下，使用 pull-coord1-origin 的绝对基准。对于绝对基准，系统不再是平移不变的，人们应该考虑如何处理质心运动。

pull-coord1-type

umbrella: 使用参考组和一个或多个组之间的伞形势来拉动质心。

constraint: 使用参考组和一个或多个组之间的约束进行质心牵引。设置与 umbrella 相同，只是应用了刚性约束而不是简谐势。请注意，此类型不支持与多时间步进（mts）相结合。

constant-force: 使用线性势和恒定力的质心拉力。对于该选项，没有参考位置，因此不使用参数 pull-coord1-init 和 pull-coord1-rate。

flat-bottom: 在 pull-coord1-init 以上的距离施加简谐势，否则不施加。

flat-bottom-high: 在低于 pull-coord1-init 的距离处施加简谐势，否则不施加。

external-potential: 需要由另一个模块提供的外部势。

pull-coord1-potential-provider

为 pull-coord1-type=external-potential 提供势的外部模块的名称，如 awh，见 AWH adaptive biasing 条目。

pull-group1-weights

可选，相对质量（与原子质量相乘得 COM 的总重量）。该数字应为0（表示全部相对质量为1）或为牵引基团中的原子数。

pull-group1-pbcatom (0)

用于处理牵引组内周期性边界条件的参考原子（不影响组间PBC的处理）。仅当牵引组的直径大于最短 box 矢量的一半时，此选项才有必要。

为了确定 COM，将组中的所有原子置于其最接近pull-group1-pbcatom的周期性映象。

值为 0 表示使用中间原子（编号顺序），这仅对小基团安全。

gmx-grompp 检查从参考原子到牵引组中其他原子的最大距离是否过大。

此参数不适用于 pull-coord1-geometry=cylinder。

值 -1 将启用余弦加权，这对于周期体系中的一组分子非常有用，例如 water slab（参见Engin et al.J.Chem.Phys.B 2010）。