质心牵引-方向

pull-coord1-dim (Y Y Y)

与此牵引坐标将对应的牵引维度，并在 pull-print-components = pull-coord1-start=yes 打印到输出文件。当 pull-coord1-geometry = distance 时，只有设置为Y的笛卡尔坐标分量对距离有贡献。因此，将其设置为 (Y Y N) 会导致 x/y 平面中的距离改变。对于其他geometry，pull-coord1-vec 中所有具有非零值的维度应设置为Y，其他维度的值仅影响输出。

pull-coord1-origin (0.0 0.0 0.0)

与绝对基准一起使用的牵引参考位置。

pull-coord1-vec (0.0 0.0 0.0)

牵引方向。gmx-grompp 会对向量进行归一化

pull-coord1-geometry

distance: 沿着连接两组的向量拉动。可以使用 pull-coord1-dim 选择方向组合。

direction: 按 pull-coord1-vec 的方向拉动。

direction-periodic: 与 pull-coord1-geometry=direction 相似，但不应用周期性的盒向量校正以将距离保持在盒长度的一半以内。

这（仅）适用于通过使用一定牵引速率连续改变参考位置将组推离 box 长度的一半以上的情况。使用这种几何结构，box 在拉力尺寸上不应是动态的（例如，无压力缩放），拉力不应添加到 virial。

direction-relative: 与 pull-coord1-geometry=direction 相似，但牵引向量是指从第三个牵引组的 COM 指向第四个牵引组 COM 的向量。

这意味着需要在 pull-coord1-groups 提供4组。请注意，拉力将在拉力矢量上产生扭矩，这反过来会在定义矢量的两组上产生垂直于拉力矢量的力。

如果希望牵引组在由两个组决定的向量之间移动，只需使用这两个组的并集作为参考组。

cylinder: 用于相对于参考 COM（由参考组的局部圆柱形部分给出）的层牵引。牵引方向为 pull-coord1-vec。

从 pull-coord1-groups 中的两组中的第一组中，围绕穿过第二组 COM 的轴选择一个圆柱体，方向为 pull-coord1-vec，半径为 pull-cylinder-r。

当径向距离从 0 到 pull-cylinder-r时，原子的重量不断减小到零（也使用质量加权）。径向相关性在两个牵引组上产生径向力。

请注意，半径应小于 box 大小的一半。对于倾斜圆柱体，它们应该比 box 大小的一半更小，因为参考基团中的原子与牵引基团的 COM 之间的距离既有径向分量，也有轴向分量。约束牵引不支持此几何图形。

angle: 沿着由四组值所定义的角度拉动。该定义为两个向量之间的角度：将第一组 COM 连接到第二组 COM 的向量，以及将第三组 COM 连接至第四组 COM 的矢量。

angle-axis: 与 pull-coord1-geometry=angle 相似，但第二个向量由 pull-coord1-vec 给出，因此只需要给出定义第一个向量的两个组。

dihedral: 沿六个组定义的二面角拉动。这些两两定义了三个矢量：将 组1的COM 连接到 组2的COM 的矢量，将 组3的COM 连接至 组4的COM，将 组5的COM 连接于 组6的COM。

然后，将二面角定义为两个平面之间的角度：由前两个矢量所在的平面和后两个矢量所在的平面。

transformation: 使用 pull-coord1-expression 定义的数学表达式变换其他牵引坐标。较低索引的牵引坐标可以用作该牵引坐标的变量。

因此，牵引变换坐标应具有比其变换的所有牵引坐标更高的牵引坐标索引。

pull-coord1-start

no: 不修改 pull-coord1-init。

yes: 将起始构象的 COM 距离添加到 pull-coord1-init。

pull-coord1-init (0.0) [nm] or [deg]

 t=0时的基准距离或基准角。

pull-coord1-rate (0) [nm/ps] or [deg/ps]

参考位置或参考角的变化率。

pull-coord1-k (0) [kJ mol-1nm-2] or [kJ mol-1nm-1] or [kJ mol-1rad-2] or [kJ mol-1rad-1]

力常数。对于 umbrella 是简谐力常数，单位为 kJ mol-1nm-2（或角度为 kJ mol-1rad-2）。

对于恒力牵引，这是线性势的力常数，因此为负，恒定力的单位为 kJ mol-1nm-1（或角度为 kJ mol-1rad-1）。

请注意，对于角度，力常数以弧度表示（而 pull-coord1-init 和 pull-coord1-rate 以度表示）。

pull-coord1-kB (pull-k1) [kJ mol-1nm-2] or [kJ mol-1nm-1] or [kJ mol-1rad-2] or [kJ mol-1rad-1]

类似于 pull-coord1-k，但对应于状态B。

这仅在 free-energy 开启时使用。力常数为 (1-λ)pull-coord1-k+lambdapull-coord1-kB。

pull-cylinder-r (1.5) [nm]

pull-coord1-geometry=cylinder 中圆柱半径。

pull-coord1-expression

将较低索引的牵引坐标转换为新坐标的数学表达式。牵引坐标在方程中被称为变量，因此pull-coord1的值变为“x1”，pull-coord2的值变为了“x2”等。使用 muParser 对数学表达式进行求值。

仅当 pull-coord1-geometry 设置为 transformation 时有意义。

pull-coord1-dx (1e-9)

相对于其他牵引坐标，在牵引坐标的数值推导中使用的有限差分大小。当前的实现使用简单的一阶有限差分法进行推导，使得 f’(x)=(f(x+dx)-f(x))/dx 仅在 pull-coord1-geometry 设置为 transformation 时相关。

pull-constr-tol (10-6)

约束牵引的相对约束公差。