NMR精修

disre

no: 忽略拓扑文件中的距离约束信息。

yes: 对每个分子应用简单的距离限制。

ensemble: 在一个模拟 box 中对系综内分子应用距离约束。

通常可以使用 mdrun -multidir 在多个模拟中执行系综平均。

环境变量 GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE 设置每个系综中的系统数（通常等于提供给 mdrun -multidir 的目录数）。

disre-weighting

equal: 将限制力平均分配到限制中的所有原子对上

conservative: 力为限制势的导数，原子对的权重为正比于位移的负七次方。

如果disre-tau 为零，力是守恒的。

disre-mixed

no: 计算限制力时使用时间平均的偏离

yes: 计算限制力时使用时间平均偏离和瞬时偏离乘积的平方根

disre-fc (1000) [kJ mol-1 nm-2]

约束距离的力常数，乘以拓扑文件中交互作用的 fac 列中给出的每个约束的不同（可能是）因子。

disre-tau (0) [ps]

控制距离约束运行间隔的平均值的时间常数，值为零将关闭时间平均。

nstdisreout (100) [steps]

将约束中涉及的所有原子对的运行时间平均距离和瞬时距离写入能量文件时的步数间隔（可能使能量文件非常大）。

orire

no: 忽略拓扑文件中的方向约束信息。

yes:使用方向约束，可以使用 mdrun -multidir 执行系综平均。

orire-fc (0) [kJ mol-1]

方向约束的力常数乘以每个约束的（可能）不同权重因子，可以设置为零，以从无约束模拟中获得方向。

orire-tau (0) [ps]

制方向约束运行间隔的平均值的时间常数，值为零将关闭时间平均。

orire-fitgrp

用于方向约束的拟合组。这组原子用于确定系统相对于参考方向的旋转半径，参考方向是第一个子系统的起始构造。对于蛋白质来说，backbone 是一个合理的选择。

nstorireout (100) [steps]

将约束中所有运行时间平均的方向和瞬时方向以及分子序张量写入能量文件时的步数间隔（可能使能量文件非常大）。