NEMD计算

acc-grps

恒定加速组（示例：Protein SOL，意味着 Protein 和 SOL 中的所有原子将经历加速度（accelerate line）中规定的恒定加速）。

注意，加速基团质心的动能对系统的动能和温度有贡献。最好将每个加速组设置为单独的温度耦合组。

acc-grps = Protein SOL

accelerate (0) [nm ps-2]

 acc-grps 在 x、 y 和 z 方向的加速度（例如，0.1 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.0 表示第一组在 x 方向上具有 0.1 nm ps-2 的恒定加速度，第二组相反）。

freezegrps

将被冻结的组（即其 X、Y 和/或 Z 位置将不会更新；示例：Lipid SOL）。freezedim 指定冻结适用于哪些方向。为了避免由于完全冻结的原子之间的巨大作用力而对 virial 和压强产生虚假贡献，您需要使用能量基团排除（energy group exclusions），这也节省了计算时间。请注意，冻结原子的坐标不会通过压力耦合算法进行缩放。

freezedim

freezegrps 的冻结方向，为X、Y 和 Z 以及为每个组指定 Y 或 N（例如，Y Y N N N N 表示第一组中的粒子只能沿Z方向移动。第二组中的颗粒可以沿任何方向移动）。

cos-acceleration (0) [nm ps-2]

用于计算粘度的加速度分布的振幅。加速度在X方向，大小为 cos-acceleration*cos(2πz/boxheight)。能量文件中添加了两个项：速度剖面的振幅和粘度的倒数。

deform (0 0 0 0 0 0) [nm ps-1]

box elements 的变形速度：a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y)。

在每一步中，变形为非零的 box elements 计算为：box(ts)+(t-ts)*deform

对非 elements 进行周期性校正，坐标随变换而变换，冻结的自由度也（有目的地）被转换。

在第一步和第（x 和 v 写入轨迹以确保精确重启的）步将时间 ts 设置为 t。

当适当的压缩率设置为零时，变形（deformation）可与半各向同性或各向异性压力耦合一起使用。

对角元素可用于对固体进行应变，非对角元素可用于剪切固体或液体。

据三个方向的静力平衡就可以计算得到上图法向为n=(n1 n2 n3)截面上的应力分量。

于是，三个互相垂直的截面上的9个应力分量可以确定任意截面的应力，也就是说这一点的应力状态被完全确定了。并且，从这三个正交截面的选取上来看，他们和坐标系无关。

于是，我们把单元体上的九个应力分量作为一个整体来描述P点的应力状态，称作应力张量，记作