计算电生理学-设置

swapcoords

no: 不启用离子/水位置交换。

X ; Y ; Z: 允许沿所选方向进行离子/水位置交换。在膜平行于 x-y 平面的典型设置中，离子/水对需要在Z方向上交换，以维持腔室中所需的离子浓度。

swap-frequency (1)

尝试交换的频率，即每隔多少个时间步，检查一次每个腔室的离子数目，并在必要时进行交换。通常情况下，没有必要在每一个时间步都进行检查。对于典型的计算电生理学设置，大约 100 的值就足够了，并且对性能的影响可以忽略不计。

split-group0

#0 通道的膜嵌入部分的索引组的名称。这些原子的质心限定了一个腔室的边界，应该选择质心靠近膜中心的原子。

split-group1

#1 通道定义了另一个腔室边界的位置。

massw-split0 (no)

定义是否使用质量加权来计算划分组（split-group）中心。

no: 使用几何中心。

yes: 使用质心。

massw-split1 (no)

 同上，但对于划分组#1而言。

solvent-group

溶剂分子索引组的名称。

coupl-steps (10)

多个尝试交换步骤中平均每个腔室的离子数，可用于防止腔室边界附近的离子（例如通过通道扩散）导致不必要的来回交换。

iontypes (1)

要控制的不同离子的类型数。这些离子类型在模拟过程中会与溶剂分子进行交换，以达到所需的参考数目。

iontype0-name

第一种离子类型的名称（第二、三种等同理使用 iontype1-name、iontype2-name…，）。

iontype0-in-A (-1)

腔室 A 中需要（参考）的 0 型离子的数目。默认值-1 表示：使用 0 时刻的离子数作为参考值。

iontype0-in-B (-1)

腔室 B 中需要（参考）的 0 型离子的数目。

bulk-offsetA (0.0)

第一交换层相对于腔室 A 中分面的偏移量。默认情况下（即体相偏移 = 0.0），离子/水交换发生在最大距离（体相浓度）层到划分组层之间。然而，可以指定偏移量 b(-1.0 < b < +1.0)，将体相层从中间 0.0 处偏移到腔室分隔层之一（在 +/-1.0 处）。

bulk-offsetB (0.0)

另一交换层相对于腔室 B 中分面的偏移量。

threshold (1)

只有达到指定的数目差异阈值时才交换离子。

cyl0-r (2.0) [nm]

 #0 划分圆柱的半径。可以相对于划分组的中心定义两个可选的划分圆柱（以模拟通道孔）。利用这些圆柱，可以统计哪些离子通过了哪个通道。划分圆柱的定义不会影响离子/水交换是否完成。

cyl0-up (1.0) [nm]

#0 划分圆柱向上延伸的长度

cyl0-down (1.0) [nm]

划分圆柱向下延伸的长度

cyl0-down (1.0) [nm]

#1 划分圆柱的半径

cyl1-up (1.0) [nm]

#1 划分圆柱向上延伸的长度

cyl1-down (1.0) [nm]

#1 划分圆柱向下延伸的长度