聚合物走迷宫

#自定义蓝色小球添加数量

variable npart equal 10

#模拟参数

dimension 2

units    lj

atom_style  molecular

boundary        p p p

#近邻定义

neighbor 2.0 bin

neigh_modify every 1 delay 0 check yes

#读取聚合物链数据

read_data poly.input

#设置box区域

region box block -20 20 -20 20 -0.001 0.001

#在box区域内添加第二种原子

create_atoms 2 random ${npart} 358723 box

#摩尔质量设置

mass   *        1

#原子1归入mobile组

group mobile type 1

#力场设置，lj/cut势

pair_style         lj/cut 1.12246204830937

pair_coeff         * * 1.0 1.0 1.12246204830937

pair_modify        shift yes

#键力场设置

bond_style fene

bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0

special_bonds fene

#能量最小化，防止原子重叠

minimize 1e-5 1e-5 100 100

reset_timestep 0

#输出设置

dump  1 all atom 100 poly.xyz

#mobile组积分，nve系综

fix integrator mobile nve

#对mobile组进行控温

fix dynamics   mobile langevin 3 3 0.5 252352

#二维计算

fix run2d      all enforce2d

#模拟步长

timestep  0.01

#每100步输出热力学信息

thermo    100

#开始运行

run 100000