分子自由落体运动模拟

#模型基本设置

units     si 

boundary  p p f

newton    on

atom_style  sphere

atom_modify  map array sort 0 0

neighbor    0.42 bin

timestep   0.0001

#创建盒子 

region    reg block 0 120 0 60 0 85 units box

create_box  1 reg

#设置原子属性

fix prop all property/atom mol ghost yes

#势函数设置

pair_style  gran/hooke/history 4e5 NULL 1e2 NULL 0.5 0

pair_coeff  * *

#分组

group    particles type 1

atom_modify     first particles

group    rigid type 1

neigh_modify  every 1 delay 0 check yes exclude molecule/intra all 

#热力学信息输出

thermo     1000

thermo_style  custom step atoms ke

thermo_modify  flush yes lost warn

comm_modify  vel yes cutoff 3

#创建分子模型

molecule  mymol molecule.data

region    pourreg block 5 115 5 55 60 80 side in units box

#设置重力加速度

fix    gravfix all gravity 9.8 vector 0 0 -1 disable

#定义分子为刚体

fix    rigidfix all rigid/small molecule mol mymol gravity gravfix

#在pourreg区域内随机生成400个分子

fix    pourfix all pour 400 0 1234 region pourreg mol mymol rigid rigidfix

#设置底部墙

fix    zwall all wall/gran hooke/history 4000.0 NULL 100.0 NULL 0.5 0 zplane 0.1 NULL

#保存坐标文件

dump    1 all custom 1000 molecule_pour.xyz id type mass radius x y z fx fy fz

#启动运行

run    50000