Ni剪切模拟

#模型基本参数，在剪切x方向使用s边界，其它方向为p边界

units    metal

boundary  s p p

neighbor  2 bin

neigh_modify every 1 delay 5

atom_style  atomic

timestep  0.001

#建模，使用晶格尺寸建立box，box内共3种原子类型

lattice    fcc 3.52

region    box block 0 16 0 3 0 10

create_box  3 box

create_atoms  1 box

#势函数

pair_style  eam

pair_coeff  * * Ni_u3.eam

#分组设置，设置上下边界层和中间移动层。

region    lower block INF INF INF INF INF 2

region    upper block INF INF INF INF 8 INF

group    lower region lower

group    upper region upper

group    boundary union lower upper

group    mobile subtract all boundary

#为明确区分，把上下边界层原子类型改为2和3

set    group lower type 2

set    group upper type 3

#温度计算，重新定义温度计算。此项计算比较关键，因为有上下边界层，因此在控温时只需要对mobile组进行控温。

#另外，在剪切时上层边界人为设置了一个移动速度，这部分速度不能计入温度计算，因此，new2d只计算y和z方向的温度。

compute    new3d mobile temp

compute    new2d mobile temp/partial 0 1 1

#温度初始化

velocity  mobile create 300.0 5812775 temp new3d

#弛豫，使用速度标定法对mobile组进行弛豫，使其温度稳定到300k

fix    1 all nve

fix    2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0

fix    3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0

fix_modify  3 temp new3d

thermo    25

thermo_modify  temp new3d

run    100

unfix    3

#剪切，剪切过程中，上部边界x方向速度设为1（晶格单位），mobile按照z方向的尺寸设置一个速度梯度。最上端原子速度为1，下端速度为0，中间原子速度按比例设置。

#mobile组控温300k，此温度只包含y和z方向的速度因素。

dump 1 all atom 100 shear.xyz

velocity  upper set 1.0 0 0

velocity  mobile ramp vx 0.0 1.0 z 2 8 sum yes

fix    3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0

fix_modify  3 temp new2d

thermo    100

thermo_modify  temp new2d

reset_timestep  0

run    5000