2.2结构模型的可视化

结构模型表示为球棍（图2.2）、空间堆积（图2.3）、多面体（图2.4）、线框（图2.5）、棍（图2.6）和位移椭球体（图2.7）模型。球-棒、线框和棒模型可以与虚点表面重叠，以突出原子的外表面。多面体可以做成半透明的，以便使内部的原子和键可见。可以将不透明度可变的点阵平面插入到结构模型中。向量（箭头）可以附着在原子上，以表示静、动位移的磁矩或方向。

可以在同一图形区域叠加多个结构模型，以处理晶界结构，晶体表面上原子、分子、纳米片的吸收，或多孔材料和层状结构中吸收的分子。

VESTA中的Bond-search算法非常复杂；采用Quentrec和Brot[22,23]的晶胞索引法的一种变体。这种方法广泛应用于需要处理大量原子的分子动力学模拟程序中。

图2.1:VESTA在三种不同操作系统上运行的截图：(A)Windows,(B)Linux,(C)macOS。

图2.2：一种变体云母族矿物m为utomiliteK(Li,Al,Mn2+)3-[(Si,Al)4O10](F,OH)2[24]的晶体结构。

图2.3：维生素B1多晶型物的晶体结构。

图2.4：绿柱石的晶体结构，Be3Al2Si6O18。

图2.5：苏打石晶体结构，Na4Al3(SiO4)3Cl。

图2.6：黑绿石的四边形晶体结构，46SiO2·6M14·2M12（M14=N2，CO2;M12=CH4，N2)）。SiO4框架笼子中的亮蓝色和粉色球体分别代表客体分子的M14和M12位点。

图2.7:17-(2H-indazol-2-yl)androsta-5,16-di烯-3β-ol的位移椭球模型，在C17位置有一个indazole取代基。C：棕色，N：绿色，O：红色，H：天蓝色。除了小而球形的H原子外，所有原子被包含在椭球体中的概率被设定为50%。