17.4.1结构数据

1.VESTA格式（*.vesta）

包含整个结构数据和图形设置的文本文件。VESTA保存的*.vesta文件，可能包含体数据文件的相对路径，以及当*.vesta文件再次打开时，自动读取的晶体数据文件。如果*.vesta中包含IMPORT_STRUCTURE、IMPORT_ORFFE、IMPORT _DENSITY和IMPORT_TEXTURE中的任何一个关键字，且后面是指定数据文件相对路径的行，当*.vesta文件打开时，VESTA也会输入这些数据文件。

使用RIETAN-FP进行Rietveld分析后，如果*.vesta和*.ins在同一个文件夹中，*.vesta中的晶格和结构参数会自动更新。

2.VICS格式（*.vcs）

http://fujioizumi.verse.jp/visualization/VENUS.html

VICS是VESTA结构图部分的前身，现已过时。尽管如此，VESTA仍支持此格式以保持兼容性。

3、American Mineralogist Crystal Structure Database美国矿物学晶体结构数据库（*.amc）

http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php

在部分AMCSD文本文件中，空间群名称附加了额外的字符，并使用了非标准的空间群符号。某些非标准空间群设置可能无法正确读取。在这种情况下，请适当修改空间群符号，然后根据需要在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中更改设置编号。有时，如果采用《国际结晶学表》A卷中未描述的非标准设置，则必须自行转换分数坐标。

4、asse（*.asse）

http://www.nims.go.jp/cmsc/staff/arai/asse/

5、Chem3D（*.cc1）

http://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/3D_viewer_Formats.html

6、Crystallographic Information File晶体学信息文件（CIF; *.cif）

http://www.iucr.org/resources/cif/

CIF有多种晶体数据格式。可以从上述网站获得有关CIF的详细信息。例如，CIF文件可能包含笛卡尔坐标，但VESTA无法输入它们。请注意，VESTA不支持CIF格式中允许的所有格式。例如，CIF中包含的笛卡尔坐标不能输入到VESTA；CIF中只应给出分数坐标。有关可读格式，请参阅VENUS/examples/VICS/CIF中的示例*.cif文件。

在*.cif包含多相数据的情况下，所有数据都输入到同一个选项卡中，并且相互重叠。要在这种情况下仅可视化一个相，请选择菜单栏中的Edit | Edit Data | Phase...。在列表中选择一个不必要的相，然后按下Delete按钮。

CIF范式提供了多种输入空间群对称性的方法。VESTA按以下顺序搜索条目：

如果*.cif文件中给出了上述条目之一，VESTA识别空间群对称性。例如，SHELX-97通过WinGX创建的CIF既不包含空间群编号，也不包含空间群符号，但具有对称操作列表。

如果以上条目均未正确给出，则空间群被视为P1。在这种情况下，请在打开此类文件后，在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中设置空间群，或按以下方式修改CIF中与空间群相关的行：

7、CrystalMaker text file（*.cmt, *.cmtx）

http://www.crystalmaker.comCrystalMaker

是一个用于构建、显示和操作各种晶体和分子结构的商业程序。

8、Crystal Structure Search and Retrieval晶体结构搜索与检索（CSSR; *.cssr）

http://www.maciejharanczyk.info/Zeopp/input.html

在CSSR格式的文件中，可以在“OPT=”后给出设置编号。遗憾的是，没有关于以这种格式设置编号的信息。如有必要，请在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中进行更改。

9、Cambridge Structural Database剑桥结构数据库（CSD/FDAT; *.csd, *.fdt）

http://www.ccdc.cam.ac.uk/Solutions/CSDSystem/Pages/CSD.aspx

10、DL_POLY格式（CONFIG, REVCON, *.config）

https://www.scd.stfc.ac.uk/Pages/DL_POLY.aspx

11、FEFF输入文件（feff.inp）

http://www.feffproject.org/

FEFF是原子团簇X射线吸收精细结构（XAFS）和X射线吸收近边结构（XANES）谱从头算多重散射的自动程序。FEFF的输入文件名必须为feff.inp或FEFF.inp。

12、FHI-aims输入文件（*.in）

https://aimsclub.fhi-berlin.mpg.de/

FHI-aims为计算材料科学提供准确的全电子、全电势电子结构代码包。

13、Elk FP-LAPW代码的输出文件（GEOMETRY.OUT）

Elk是一种全电子全电势线性增强平面波（FP-LAPW）代码，用于测定晶体固体的性质。

14、GSAS格式（*.EXP）

http://www.ncnr.nist.gov/xtal/software/gsas.html

15、Inorganic Crystal Structure Database无机晶体结构数据库（ICSD; *.ics）

http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html

ICSD的两个检索程序，用于MS-DOS的RETRIEVE和用于Windows的FindIt，输出格式完全不同的文本文件。VESTA能够读取两种类型的晶体数据文件。

在这些*.ics文件中，有时会将额外字符附加到空间群名称，例如“P 42/n m c S”，应该是“P 42/n m c”（P42/nmc）。此外，ICSD文本文件中有时会给出完整的Hermann-Mauguin空间群符号。在这种情况下，文本区域和消息框中都会显示错误消息。请仔细阅读以进行下一个操作。遇到此类错误时，强烈建议输出CIF而不是*.ics。

16、ICSD-CRYSTIN:（*.cry）

17、MDL Molfile（*.mol）

http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file

18、Crystallographic Database for Minerals矿物晶体学数据库（MINCRYST; *.min）

http://database.iem.ac.ru/mincryst/

在部分MINCRYST文本文件中，空间群名称附加了额外的字符，并使用了非标准的空间群符号。在这种情况下，文本区域会显示错误消息。应适当修改空间群名称。根据需要在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中更改设置编号。

19、MOLDA（*.mld）

http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/cc/mld/readme.html

MOLDA的网站已经关闭，因为其作者Hiroshi Yoshida于2005年去世。这里简要解释*.mld的MODRAST/MOLDA格式。此格式由以下行组成：

（a） 第1行：关于化合物的注释，例如其名称

（b） 第2行：化合物中的原子数na

（c） 第3~（3+na）行：笛卡尔坐标（x、y和z）和原子序号

（d） 第（4+na）行：化合物中的键数nb

（e） 第（5+na）~（5+na+nb）行：原子序号对

例如，如果是乙烯，其中na=6，nb=5，则需要以下行：

20、Protein Data Bank 蛋白质数据库（PDB; *.pdb）

http://www.wwpdb.org/PDB

有多种晶体数据格式。可以在http://www.wwpdb.org/docs.html网页中获取PDB的详细信息。请注意，VESTA不支持这两种格式中允许的所有格式。有关可读格式，请参阅VENUS/examples/VICS/PDB中的*.pdb文件。

21、RIETAN-FP/2000的输入文件（*.ins）

http://fujioizumi.verse.jp/download/download_Eng.html

VESTA无法输入早于RIETAN-2000的RIETAN版本（例如，RIETAN-94）的*.ins文件。如果*.ins中包含多相数据，只输入第一相的晶体数据。

在*.ins中，根据RIETAN-FP中的规范，国际表格的卷名不应为“I”，而应为“A”。例如，“A-230-2”是空间群Fd-3m的第二个设置的输入。输入“I-230-2”会导致错误。晶格参数必须按以下方式在一行内给出：

22、RIETAN-FP的输出文件（*.lst）

http://fujioizumi.verse.jp/download/download_Eng.html

谨防RIETAN-2000输出的*.lst文件的输入。

23、SHELXL的输入文件（*.ins）

24、STRUCTURE TIDY的输出文件（*.sto）

25、USPEX输出的结构数据文件（gatheredPOSCARS, BESTgatheredPOSCARS）

http://han.ess.sunysb.edu/~USPEX/

26、WIEN2k（*.struct）

http://www.wien2k.at/

27、XMol XYZ（*.xyz）

http://en.wikipedia.org/wiki/XYZ_file_formathttp://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/XYZ_cartesian_coordinates_format.html

明尼苏达超级计算机中心开发的XMol是一种用于创建和查看分子图像的实用程序。

28、SCAT的F01，和contrd的C04D

http://www.dvxa.org/

如果结构模型与体数据重叠，VESTA除了需要读取f01外，还需要读取contrd的输入文件c04d。为此，需要使用c04d中的边界框（体数据输出到文本文件的区域）尺寸。有关contrd的详细信息，请参阅VENUS软件包中的Readme_contrd.txt。当然，c04d和f01应该放在同一个文件夹中。如果VESTA未输入c04d，原子坐标将在笛卡尔坐标系中处理，就像*.xyz文件的情况一样。在这种情况下，体数据*.scat和*.sca不能与结构模型重叠。

f01中记录的所有原子必须包含在上述边界框内。否则，通过假设周期性，原子坐标将在边界框内标准化，这将导致图形区域中出现不正确的结构。

在执行一系列电子状态计算时，使用Hidemaru Editor的DV-Xα方法辅助环境非常方便。

冈山理工大学Genta Sakane的网站：

http://www.chem.ous.ac.jp/~gsakane/

对于想要将contrd计算的物理量可视化的研究者来说非常有用。详细的日语文档《DV-Xα方法辅助环境简介》，适合初学者使用DV-Xα法和VESTA。

29、MXDORTO/MXDTRICL（FILE06.DAT, FILE07.DAT）

http://kats-labo.jimdo.com/mxdorto-mxdtricl/

MXDORTO和MXDTRICL是分子动力学模拟的Fortran程序。

30、XTL格式（*.xtl）

Cerius2（Accelrys，Inc.）中使用的文本文件。GULP和GSAS能够以这种格式输出晶体数据。