17.4.2体积数据

31、二进制格式的MEM密度（*.pri, *.prim）

http://fujioizumi.verse.jp/visualization/VENUS.html

http://jp-minerals.org/dysnomia/en/

PRIMA或Dysnomia输出的3D电子和核密度二进制文件以及ALBA输出的Patterson函数二进制文件。这些文件中记录的电子密度（严格来说，电子数密度）单位是Å-3，核密度单位为fm Å-3。

32、文本格式的MEM密度（*.den）

PRIMA、Dysnomia、MEED、MEND和ENIGMA输出的3D电子和核密度文本文件。这些文件中记录的电子密度单位是Å-3，核密度单位为fm Å-3。

33、Energy Band能带（*.eb）

与*.rho格式几乎相同的文本文件。文件*.eb用于根据能带结构计算程序（如WIEN2k）获得的结果可视化费米面。为了方便起见，在*.eb中的所有能量本征值上加上一个常数，使它们大于或等于零。因此，在设置等值面数值时必须考虑到这种修改。

NIMS的Masao Arai在他的网站上提供了有关*.eb的详细信息：

http://www.nims.go.jp/cmsc/staff/arai/

34、通用体数据（文本文件格式）（*.?ed）

具有通用体数据格式的文件存储根据Tsirelson提出的程序从电子密度转换而来的以下物理量之一（见14.15节）：

∇²ρ(r)：电子密度的拉普拉斯算符（*.led）。

g(r)：电子动能密度（*.ked）。

ν(r)：电子势能密度（*.ped）。

he(r)：电子能量密度（*.ted）。

格式（扩展名为?ed的所有文件通用）：

标题：标题最多80个字符。

a、 b、c、α、β、γ：晶格参数，两个参数之间至少有一个空格（自由格式）。

N1+1、N2+1、N3+1：分别沿a、b和c轴的体元数量，两个整数之间至少有一个空格（自由格式）。

接下来为三维数组元素D：

每行中有任意数量的数据，两个真实数据之间至少有一个空格（自由格式）。请注意，N1+1、N2+1和N3+1的体元分别位于x=1、y=1和z=1。一个示例*.ted文件的初始几行如下所示：

VESTA允许您以通用体积数据格式保存文件*.?ed。因此，VESTA可作为将二进制文件转换为文本文件的转换器。

35.   周期性体积数据（文本格式）(*.grd)

http://www.ncnr.nist.gov/xtal/software/gsas.html

GSAS输出的三维傅里叶映射文本文件[18]。一款名为3DBVSMAPPER[118]的程序能自动生成键价求和图像，同样支持输出该格式文件。要生成能被VESTA读取的*.grd文件，需在傅里叶计算设置中选择"C-选择截面(X/Y/Z)"选项，并在提示"输入所需截面(X,Y,Z - 选择Z生成DSN6映射)"时输入"X"。

该文件格式与通用体数据格式基本相同，区别在于三维数据数组D按以下范围输出：

VESTA同样支持以该格式导出体积数据。

36、通用体数据格式（二进制格式）（*.ggrid）

37、周期体数据（二进制格式）（*.pgrid）

38、压缩体数据格式（*.m3d）

39、SCAT体数据格式（*.sca, *.scat）

http://www.dvxa.org/

利用contrd从F09和F39文件计算的电子密度、静电势和波函数，通过SCAT输出。使用名为contrd.bat的批处理文件创建的文本文件（CHG3D.SCA、POT3D.SCA、WXXX-3D.SCA、WXXXU-3D.SCA和WXXXU-3D.SCA），可以直接由VESTA输入，其中XXX表示分配给波函数的整数。如要了解*.SCA文件的详细信息，请参阅软件包中的Readme_contrd.txt文件。记录于*.SCA或*.SCAT的三维数值数据在绘制时不用进行任何转换。

电子密度、静电势和波函数的单位分别是bohr-3, Ry (rydberg)和bohr-3/2，其中bohr是长度的原子单位，即1 bohr=a0=5.29177211×10-11m=0.529177211 Å（a0：玻尔半径），1 Ry=Eh/2=2.179 871 9×10-18J（Eh：hartree）。

DV-Xα方法的辅助环境及其用日语编写的详细文件见17.4.1节第23条。

40、WIEN2k（*.rho）

http://www.wien2k.at/ (WIEN2k)

http://www.nims.go.jp/cmsc/staff/arai/wien/venus.html (wien2venus.py)

NIMS的Masao Arai用Python编写的脚本wien2venus.py，可以将用WIEN2k计算的电子密度导出到文本文件*.rho中，之后使用VESTA将其可视化。这个文件中存储的电子密度单位是bohr-3。

41、WinGX 3D傅里叶映射（*.fou）

http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/wingx/

WinGX输出的3D Fourier Maps文本文件。如要创建可以用VESTA输入的*.fou文件，从菜单栏中的Maps | FOURIER MAP | Slant plane，打开WinGX的“FOURIER MAP Control Panel”。选择“33D Fouier (Beevers-Lipson)”和“Write MarchingCubes File”选项，并在Z轴设置“Projection”。对于所有X、Y和Z轴，“Summation limits”的最小值和最大值应设置为0和1。考虑到以下问题，应仔细设置每个轴的分辨率。

在这种格式中，沿每个轴的数据点不是均匀分布的，而是以给定分辨率的间隔放置的。当轴的长度为L且分辨率设置为d时，数据点的数量NPIX设置为L/d+1的整数部分。仅当L/d接近整数时，输出文件具有近似正确周期的通用网格格式。建议特殊位置正好位于数据网格上。例如，如果镜像平面位于x=1/4和x=3/4，则L/d应为4的倍数。

42、X-PLOR/CNX（*.xplor）

http://en.wikipedia.org/wiki/X-PLOR (CNX)

http://superflip.fzu.cz/ (Superflip)

Superflip是用电荷翻转法从头算求解晶体结构的计算机程序。Superflip使用X-PLOR格式在文件*.x-plor中输出单位晶胞中的电子密度，可由VESTA直接显示。