17.5.1数据文件

结构数据

1、VESTA原始格式（*.vesta）

当前显示的数据的全部信息保存在VESTA格式的文本文件*.vesta中。VESTA格式的文件包含所有结构数据和图形设置，而体数据不直接记录在*.vesta中，而从外部文件导入。存储体数据的文件的目录和名称记录在*.vesta中，作为从*.vesta的目录到体数据文件的相对路径。它可以将当前数据的全部信息保存在一个小文件中，而无需复制庞大的体数据。

可以选择以相同的方式从外部文件导入结构数据。防止结构数据直接记录在*.vesta中，使用带有Link选项的Import Data对话框导入结构数据（见6.3.6节）。文件名*。ORFFE输出的*.ffe文件的名称也记录在*.vesta中，因此在重新打开*.vesta文件后，*.ffe中记录的几何参数将自动列在Geometrical Parameters对话框中（见14.2节）。使用RIETAN-FP进行Rietveld分析后，如果*.vesta文件和标准输入文件*.ins在同意文件夹中，*.vesta中的晶格和结构参数会自动更新。

2、Chem3D（*.cc1）

http://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/3D_viewer_Formats.html

3、Crystallographic Information File晶体学信息文件（CIF; *.cif）

http://www.iucr.org/resources/cif/

4、DL_POLY输入文件（*.config）

https://www.scd.stfc.ac.uk/Pages/DL_POLY.aspx

5、Protein Data Bank蛋白质数据库（PDB; *.pdb）

http://www.wwpdb.org/

6、RIETAN-FP/2000的用户输入文件（*.ins）

http://fujioizumi.verse.jp/download/download_Eng.html

输出*.ins的功能，使得能够使用VESTA读取各种格式的晶体数据文件，模拟粉末衍射图谱，并使用RIETAN-FP进行后续的Rietveld精修。请注意，RIETAN-2000和RIETAN-FP的标准输入文件彼此不兼容。VESTA使用模板文件导出RIETAN-FP/2000的输入文件，默认模板文件template.ins，具有RIETAN-FP格式。如果需要RIETAN-2000格式的标准输入文件，请在Preferences对话框中将模板文件更改为RIETAN2000格式的文件（请参见第16章）。

在Rietveld精修或使用RIETAN-FP模拟粉末衍射图谱时，应选择嵌入RIETAN-FP的STRUCTURE TIDY的以下标准晶格设置：

Ø 单斜晶系：b轴单独设置（β≠90°），

Ø 三方晶系：六边形晶格（a=b≠c，γ= 120°），

Ø 中心对称空间群：反演心位于原点处（原点选择2）。

除非采用这三种标准设置，被纳入RIETAN-FP中的LAZY PULVERIX无法生成正确的衍射指数hkl及其多重性。因此，VESTA在导出RIETAN-FP/2000格式的*.ins时，会自动将晶体结构的晶格设置转换为标准晶格设置。

需要指出的是，数据库中记录的部分晶体数据中的分数坐标的有效位数太小，例如0.3333而不是0.333333。在这种情况下，请在输出*.ins之前将有效位数增加到6或7。

7、VASP（POSCAR, *.vasp）

http://www.vasp.at/

8、VRML（*.wrl）

http://www.web3d.org/x3d/specifications/vrml/

9、XMol XYZ（*.xyz）

http://en.wikipedia.org/wiki/XYZ_file_format

http://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/XYZ_cartesian_coordinates_format.html

10、P1结构（*.p1）

存储晶格参数和单位晶胞中所有原子的原子位置的简单文本文件。原子位置用分数坐标表示，晶体的空间群被转换成P1（三斜晶系，第1号）。在计算模拟中建立初始原子构型时，此格式非常有用。

11、分数坐标（*.xtl）

xtl文件格式的简单文本文件，存储当前图形区域中显示的所有原子的原子位置。原子位置用分数坐标表示。为了方便起见，晶体的空间群被视为P1（三斜晶系，第1号）。

12、MADEL输入文件（*.pme）

虽然VESTA可以执行MADEL（见14.5节），但MADEL的输入文件*.pme，应手动编辑，以计算间隙（空位）位置的静电位势，其分数坐标必须输入*.pme尾部的FORMAT（3F9.6）。强烈建议使用RIETAN-FP系统分发文件中包含的RIETAN-FP–VENUS集成辅助环境，编辑*.pme并运行MADEL将其输入Hidemaru Editor。有关上述辅助环境的详细信息，请阅读分发文件中的Readme_macros.txt。

使用此格式导出文件时，系统会提示输入两个参数，RADIUS和REGION（请参见14.5节）。有关要输入*.pme的这些参数的详细信息，请参阅MADEL的用户手册。

13、STRUCTURE TIDY输入文件（*.sto）

体积数据

14、PRIMA二进制格式（*.pri）

15、通用体数据格式（*.3ed）

16、周期性体数据格式（*.grd）

17、通用体数据格式（二进制）（*.ggrid）

导出体数据时，最推荐使用通用体数据格式。它是无损的，但是这种格式的文件大小比文本格式甚至其他一些二进制格式的文件小得多。对于周期性体数据，由于更好的压缩效率，下面描述的*.pgrid是首选的。

18、周期性体数据格式（二进制）（*.pgrid）

此文件格式与*.ggrid格式相似，但假设网格具有周期性以最小化数据冗余。当有两个以上的对称操作（由空间群信息集生成或由用户直接编辑）时，只有非对称单元中的网格数据记录在*.pgrid中。

19、压缩体数据格式（*.m3d）

二维数据

假设二维数据显示窗口已打开，在"创建新切片"对话框（参见15.5节）中选择"由两个向量定义的(hkl)晶面"或"沿[hkl]轴投影"选项。此时，通过从文件菜单中选择"二维数据显示"项，可将二维数据显示窗口中呈现的二维数据输出。需注意，当选择首选项"边界框中的(hkl)晶面"时，此功能不可用。

例如，金红石型TiO2中距离原点0.5d的(100)晶面上的电子密度输出如下：

第六行中的两个整数（65和65）分别表示沿x轴和y轴的划分数量。\n每行数据中的三个数值分别为X、Y和密度值，其中X和Y代表二维图中距离原点的坐标值（单位：埃）。