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适用于Gromacs2025之前版本的Amber19SB力场及其配套相关力场

之前已经有人发了适用于Gromacs2025支持残基和原子类型双匹配CMAP项的Amber19SB力场,这里发一下适用于更早的Gromacs版本的力场包

该套参数中使用的替代方案,为每一套CMAP分配一个特定的原子类型并复制一份所有相关的成键项,这种方法也是在Desmond程序的公开力场包中使用的

同时该力场整合了新的磷酸化残基phosaa 19SB参数(J. Chem. Theory Comput. 2024, 20, 7199),DNA采用的OL21骨架二面角参数,RNA为OL3参数,脂质方面整合了lipid17参数,与之前分享的Amber14SB力场(http://bbs.keinsci.com/thread-43558-1-1.html)里配套的相同,并且拉直了的可直接用于packmol等建模工具的246种脂质的gro文件也在其中

内有文档 (Amber.docx) 详细描述了各个残基的结构,原子类型分配,原子电荷等内容

如果想要使用Amber14SB参数及磷酸化残基phosaa 14SB参数,只需要在pdb2gmx中使用-cmap no选项

该力场仅包含了OPC水参数,如果想使用3点水模型需要自行修改添加OPC3水模型

如果有疑问直接根据力场包内的邮箱联系

amber19SB_OL21_OL3_lipid17.ff.rar


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