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1.1 学习前提示:2024.02.23

该教程撰写时涉及的gitee仓库网址:BeCu.git,课程录制时涉及的gitee仓库网址:BeCu_dp_course


教程可修改成VASP的使用,需要修改param.json和相关DFT计算的INPUT,param.json参考知乎文档:

【DP-GEN教程】DP-GEN运行 无痛上手指南--LiSi晶体的DP势函数构建,使用经验介绍,我有个博士室友想做DP势函数,然后我把手头有的param.json给他修改了一下,他准备了VASP的INPUT,再把machine.json中的ABACUS计算命令改成VASP的运行命令,提交后即可运行,单机运行,有4090显卡。

另外本教程的内容在网上基本都有,可参考一个Bohrium平台上的notebook文档总结教程DeePMD 使用教程、科研案例、问题收集合集另外一个可参考的是DeepMD的入门课程《DeePMD:从入门到精通》,以及哔哩哔哩上录制的相关视频或课程,特别是张与之和王一博等相关的课程《DeePMD基础培训》


Tips:该部分内容是我学习半年之后总结出来的相关内容,对于刚上手初学者,如果身边有使用使用相关软件的人,以向他们学习为主,会加快研究进程。例如我,真正快速在自己服务器上运行DPGEN是在贵州师范大学张为老师的帮助下,用两周走通了DPGEN拟合势函数的基本的流程,如果没有张老师帮助,自己找教程和看文档估计得几个月起步,主要是教程较少。同样如果你们身边没有其他会的人,那可参考本教程。本教程预期使用方法是先用本教程的方法走一遍你所研究的体系,大致走通之后,再仔细学习本教程内容以及其他相关教程资料。当然教程是否能达到预期目的,需要有相关学习者实践,并提出改进意见,相信经过多轮迭代是可以达到的。

我在入门软件之初,先学习Bohrium平台上共享的notebook从 《DFT 到 MD|超详细「深度势能」材料计算上手指南》,用我的Be单晶体系把该流程走完,初次接触了python编程等也为后续完成相关项目增加了信心。后续在项目具体实施过程还参考刘建川的《ABACUS+DPGEN使用教程》。该网址是陈默涵老师主导的一个中文教程文档,初步入门的同学可以参考。傅方佳老师还给我知乎网上的教程,以及我花费两周时间看了知乎上的所有文章,后续也看了哔哩哔哩上的相关视频。这些教程现在在Bohrium的案例中有个总结文档建议初学者在上手时看一看《DeePMD 使用教程、科研案例、问题收集合集》

但后续实施过程也碰到了很多问题主要为:

  1. 初始训练集准备不足,导致后续研究中途软件因各种原因终止,终止之后需要靠经验来修改相关DPGEN的参数文档,而这些经验目前网上比较零散,目前我是参考网络教程+咨询有经验的老师包括(贵州师范大学的张为老师、AISI+北京大学博士后傅方佳老师和胡太平老师等)。

  2. 软件具体实施过程需要学习软件使用,我首先参考的是ABACUS、DPGEN的官方文档,但官方文档其实目前不适合新手入门。对于新手建议参考相关教程先上手,之后再有兴趣可回头学习软件的官方文档。

  3. 开始DFT计算之前并无相关教程可参考,不知如何开始。例如:咨询北京大学刘裕之后,第一次写测试并完成脚本花费大约两周时间(我在前期跟着开发者解决ABACUS的issue时使用了bash脚本,再加以前看过鸟哥的私房菜那本书,因此还算有些基础),如果有相关教程或案例可能测试能缩短至三四天。

  4. 使用个人服务器,缺少相关教程,在配置上碰到使用相同环境的贵州师范大学张为老师,他帮我解决很多初期问题,让我在两周内把服务器快速调整通过,之后才算正式开始后续的探索。

  5. DPGEN迭代过程具体分析方法在网上比较零散,我花费大约两周时间把知乎上的所有文章浏览一遍,最终确定有两三篇相关文档可用。后来发现Bohrium有个notebook把相关文档进行了整理《DeePMD 使用教程、科研案例、问题收集合集》 如果我先学习notebook相关文档,然后再回头看知乎可能会更节省时间,总体来说上手简单了,但还没达到初级教程的目的,对于具体研究仍然需要很多地方需要探索和注意。

  6. DPGEN迭代过程的具体设置和问题的处理(该部分内容我目前也正在学习,结合网上资料有个大概眉目,但感觉还是不够丝滑,主要是缺少相关的分析python脚本,目前主要是通过参考相关教程中的脚本,并咨询chatgpt来完成)

  7. 按需筛选数据教程较少,目前我也没完成,应该是学习dpdata的手册来学会使用,如果有教程可能会降低初学者的使用时间。


作者:朱雪刚 邮箱:xuegangzhu@qq.com; 工作单位:石家庄学院 理学院/北京科学智能研究院(AISI)访问学者2023.07-2024.09,访问导师北京大学陈默涵; 徐张满仓 邮箱: xuzhangmancang@dp.tech

截止2024.07.21录制视频教程已上传至Bohrium的课程《DeePMD应用案例讲解:铜原子掺杂铍晶体的机器学习势函数拟合过程演示》网址: https://bohrium.dp.tech/courses/1075495070?tab=courses 后续会在Bohrium平台更新

注意:后续的更新,大部分会在Bohrium课程平台进行,请看教程入门的同学加入课程进行学习;且录制的视频课程会把一些个人观点给加入,从个人观点来看比文字教程的内容更多

写教程内容讨论QQ群:143276924 DPGEN+ABACUS教程准备;

ABACUS软件的QQ群:759914681,群内有专职开发人员,目前ABACUS提问问题以github的issue为主,群内可作为辅助提问。

欢迎大家推广本教程,让更多的dp入门学习者有个参考,目前2024.09.16我联系的微信公众号推广是 lammps加油站的小马老师(我也报名了小马老师的一对一辅导)。当然也看到lammps爱好者在转发推广。感谢大家公众号的推广。


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