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1.3 研究方法--软件选择2024.02.23

根据研究背景,拟采用的机器学习势函数拟合铍掺杂铜的DP方法,需要使用DFT+MD以及机器学习势函数做研究。

  1. DP方法主要过程:

  1. 利用DFT计算获取准确的力和能量,并准备初始训练集(可使用DPGEN的init功能来完成)。

  2. 利用训练集训练DP势函数(可通过DPGEN控制DP来完成,最好训练4个使用不同随机数的DP势函数)。

  3. 通过DPGEN的迭代过程丰富训练集(可通过DPGEN控制DP+LAMMPS+ABACUS完成,主要是对比动力学一个结构在四个势函数下的受力偏差,如果偏差较大则需要补充数据集。初始训练集不够丰富,会导致DP势函数模拟结果比较差。此过程还需要对DP势函数进行准确性验证等)。

  4. 利用LAMMPS和获取的DP势函数进行分子动力学模拟。

  1. 模拟过程中的软件选择

  1. DFT软件拟采用ABACUS,主要原因包括:开源,支持lcao基组可有效降低计算时间,国内开发者和维护人数较多,潜力很大。(其他软件还有VASP,CP2K,QE,Materials Studio等)

  2. 机器学习势函数采用拟合DP的DeePMD-kit,DPGEN;主要原因目前来看国内的教程较多,相对来说上手容易。(另外国内做的比较好的还有GPUMD的nep,以及国外其他机器学习势函数例如VASP自带的机器学习势函数等)

  3. 分子动力学模拟MD使用LAMMPS,主要原因:开源,功能强大。(其他动力学软件还有GPUMD,GROMACS,AMBER等)


作者:朱雪刚 邮箱:xuegangzhu@qq.com; 工作单位:石家庄学院 理学院/北京科学智能研究院(AISI)访问学者2023.07-2024.09,访问导师北京大学陈默涵; 徐张满仓 邮箱: xuzhangmancang@dp.tech

截止2024.07.21录制视频教程已上传至Bohrium的课程《DeePMD应用案例讲解:铜原子掺杂铍晶体的机器学习势函数拟合过程演示》网址: https://bohrium.dp.tech/courses/1075495070?tab=courses 后续会在Bohrium平台更新

注意:后续的更新,大部分会在Bohrium课程平台进行,请看教程入门的同学加入课程进行学习;且录制的视频课程会把一些个人观点给加入,从个人观点来看比文字教程的内容更多

写教程内容讨论QQ群:143276924 DPGEN+ABACUS教程准备;

ABACUS软件的QQ群:759914681,群内有专职开发人员,目前ABACUS提问问题以github的issue为主,群内可作为辅助提问。

欢迎大家推广本教程,让更多的dp入门学习者有个参考,目前2024.09.16我联系的微信公众号推广是 lammps加油站的小马老师(我也报名了小马老师的一对一辅导)。当然也看到lammps爱好者在转发推广。感谢大家公众号的推广。


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