1.4 软件安装2024.02.23（推荐使用Bohrium服务器）

1. Bohrium系统服务器计算2024.02.23

如果使用Bohrium平台进行计算，那软件安装过程可以省略，软件都是安装好的且教程比较多，具体使用可以咨询相关客服。

2. 个人已有服务器2024.02.23

（后期打算录制个人服务器的安装过程视频，从系统安装开始到软件的运行截止。目前bilibili上有刘锦程的相关安装视频教程《DeePMD-kit和DP-GEN安装》，可关注“啦啦黑还黑”），目前通过conda安装软件是比较简单的。

如果有个人的服务器，且熟悉软件安装，或者身边有熟悉软件安装的同学或同事，那请他们帮忙可快速安装，主要过程为：

1. 安装anconda软件 ，具体安装过程可查相关搜索引擎。

2. 利用conda 安装ABACUS +DeePMD ，安装命令看ABACUS安装和DeePMD安装的软件官网连接 。

目前（2024.02.22）ABACUS官网conda安装命令为：

目前（2024.02.22）DeePMD官网DP安装GPU版本的命令为：

DeePMD 的CPU版本看官网提示。关于具体选择GPU还是CPU需要看服务器的配置。一般做MD计算用GPU会更节省时间且具有更高的性价比，配置高端显卡，例如我有3090显卡、2080Ti显卡因此我使用GPU版本，相比与CPU版本来说GPU版本计算会更快。

3. 安装DPGEN，可通过pip install dpgen来进行安装。

4. Cmake 安装ABACUS

ABACUS用cmake安装，参考官网教程：大致过程为安装ubuntu22.04后能上网，

安装依赖包

下载后进入软件包

如果输入abacus出现版本号则用cmake安装成功

3. 如果身边没有做过DP势函数，且想自己购置服务器，可参考我的做法：2024.02.23

服务器系统配置推荐：我使用的服务器cpu代数比较低，因此我不太推荐。购买可以在淘宝、京东或者认识的熟人购买。

推荐使用E5 2680 V4以上的cpu + 3090 显卡（2024.02.22 显卡五六千左右，主要是图该显卡的显存比较大）+超微的主板，我估计配置下来自费一万到两万左右，具体价格并未随时关注，可自行查询。如果手头有其他旧服务器，也是可以使用的。目前我的服务器主要是E5 2680 V2，2020年一千元多一个cpu，现在看淘宝上一个cpu也就百十来块钱。另外内存可加到128G（为DFT计算准备）当然价格也就高了。

1. 服务器安装系统ubuntu 最新系统（后期会制作装机过程的教程视频）2024.02.23

由于ABACUS在安装过程中需要使用比较新的cmake，本人以前使用centos7（当时使用conda可以安装相关软件，但是在做计算式有时候出错），在安装ABACUS时会碰到很多问题，跟新到ubuntu最新系统之后会减少很多麻烦。因此把系统换成了最新版本的ubuntu 22系统。系统的安装可自行查询网络，对于新手来说，需要准备一个u盘，从百度或其他搜索引擎上个搜索个相关教程，基本花费半天的时间可以安装好系统。

大概步骤

1. 下载ubuntu系统，一般国内的镜像网站，例如清华的镜像网站下载比较快。

2. 利用相关软件把下载的系统和提前准备的u盘制作成可安装系统的启动盘。我刚开始安装系统实在2014年，是通过百度搜索的教程，使用的软件是UltraISO，所以我就一直使用该软件。当然通过搜索引擎可以找到其他相关的软件进行安装，只要能装系统都可以使用，一般搜索到的教程都会教如何制作u盘启动盘。

3. 用启动盘安装服务器 ubuntu 系统，安装过程一般使用默认值即可，安装之后需要设置成固定ip，如何设置也需要搜索或者问chatgpt（在Bohrium平台上有个免费使用的人工智能客服，需要注册一个Bohrium账号，然后使用）。

2. 服务器安装相关软件2024.02.23

1. 安装anconda软件 ，具体安装过程可查相关搜索引擎。

2. 利用conda 安装ABACUS +DeePMD ，安装命令看ABACUS和DeePMD软件官网连接 。

目前（2024.02.22）ABACUS官网conda安装命令为：

如果是ubuntu20.04以上的系统，利用cmake安装ABACUS也比较方便。

ABACUS的安装使用cmake，主要参考ABACUS官网安装文档（英语）

目前（2024.02.22）DeePMD官网DP安装GPU版本的命令为：

conda create -n deepmd deepmd-kit=*=*gpu libdeepmd=*=*gpu lammps cudatoolkit=11.6 horovod -c https://conda.deepmodeling.com -c defaults

3. 利用pip install dpgen安装DPGEN

pip install dpgen

4. 配置DPGEN使用的machine.json，machine.json的配置建议大家看官网或github的提问等，也可参考BeCu仓库中的machine.json：当然下载BeCu仓库后也可找到BeCu/machaine/machine.json https://gitee.com/zhuxuegang/BeCu/blob/master/machaine/machine.json。

{
    "api_version": "1.0",
    "deepmd_version": "2.2.7",
     "train" :[
      {
        "command": "dp",
        "machine": {
          "batch_type": "Shell",
          "context_type": "LazyLocalContext",
          "local_root" : "./",
          "remote_root" : "./"
        },
        "resources": {
          "number_node": 1,
          "cpu_per_node": 12,
          "gpu_per_node": 1,
          "strategy"  : {"if_cuda_multi_devices": true },
          "queue_name": "zw",
          "group_size": 4,
          "source_list": ["/home/zxg/BeCu/conda_env/deepmd"]
        }
      }
    ],
    "model_devi":
      [{
        "command": "lmp",
        "machine": {
          "batch_type": "Shell",
          "context_type": "LazyLocalContext",
          "local_root" : "./",
          "remote_root" : "./"
        },
        "resources": {
          "number_node": 1,
          "cpu_per_node": 20,
          "gpu_per_node": 1,
          "strategy"  : {"if_cuda_multi_devices": true },
          "queue_name": "zw",
          "group_size": 3500,
          "source_list": ["/home/zxg/BeCu/conda_env/deepmd"]
        }
      }
    ],
    "fp":
    [  
      {
        "command": "OMP_NUM_THREADS=1 mpirun -n 12 abacus",
        "machine": {
          "batch_type": "Shell",
          "context_type": "LazyLocalContext",
          "local_root" : "./",
          "remote_root" : "./",
          "clean_asynchronously": false
        },
        "resources": 
        {
          "number_node": 1,
          "cpu_per_node": 12,
          "gpu_per_node": 1,
          "group_size": 500, 
          "para_deg": 1,
          "source_list": ["/home/zxg/BeCu/conda_env/abacus"]
        }
      }
    ]
  }

这样就可以使用自己的服务器了，由于我不会配置队列软件，因此我就直接使用bash和DPGEN调度来完成后续计算任务。

作者：朱雪刚 邮箱:xuegangzhu@qq.com； 工作单位：石家庄学院 理学院/北京科学智能研究院（AISI）访问学者2023.07-2024.09，访问导师北京大学陈默涵; 徐张满仓 邮箱: xuzhangmancang@dp.tech

截止2024.07.21录制视频教程已上传至Bohrium的课程《DeePMD应用案例讲解：铜原子掺杂铍晶体的机器学习势函数拟合过程演示》网址： https://bohrium.dp.tech/courses/1075495070?tab=courses 后续会在Bohrium平台更新

注意：后续的更新，大部分会在Bohrium课程平台进行，请看教程入门的同学加入课程进行学习；且录制的视频课程会把一些个人观点给加入，从个人观点来看比文字教程的内容更多

写教程内容讨论QQ群:143276924 DPGEN+ABACUS教程准备；

ABACUS软件的QQ群：759914681，群内有专职开发人员，目前ABACUS提问问题以github的issue为主，群内可作为辅助提问。

欢迎大家推广本教程，让更多的dp入门学习者有个参考，目前2024.09.16我联系的微信公众号推广是 lammps加油站的小马老师（我也报名了小马老师的一对一辅导）。当然也看到lammps爱好者在转发推广。感谢大家公众号的推广。