2.1.1 STRU文件准备。2024.02.27

结构文件目前网上比较好找的是cif格式的文件，获取方式一般是从数据库下载或者其他软件中导出。获取到原包结构之后还需要对原包进行扩胞等操作。

1. 获取晶体结构文件*.cif，通过数据库 或 相关软件获取。

1. 从数据库下载（materials project 网站）：

在刘建川写的ABACUS+DPGEN教程 使用教程中，也提到，可以在materials project 网站 下载 cif 文件，同时还需要搜寻单个材料的不同结构。

以铍单晶为例，数据库下载地址为：https://next-gen.materialsproject.org/materials/mp-87?chemsys=Be，其中有三种构型可下载。

以铍铜合金为例，数据库下载地址为：https://next-gen.materialsproject.org/materials?_limit=50&chemsys=Be-Cu，其中有四种构型可下载。

2. materials studio 软件建模。

materials studio软件具有很好的可视化界面，其中有部分可用的结构文件可以让我们使用。安装materials studio之后打开软件可以在，File>Import>*中对应的文件夹下找到相关构型并导入软件，当然在数据库下载的cif文件也可以导入。

3. 在Materials studio中可以对相应的结构进行扩胞、截面等操作，然后用File>Export导出cif结构文件。

4. 把导出的cif文件加入到gitee的仓库中，以便上传至服务器中。

2. cif文件转换STRU文件 2024.02.27

截止目前，我所知道的STRU结构转换方法有4种：

1.ASE对cif或相关文件转换，（目前ASE已经包含ABACUS，具体使用可能还需要其他使用教程，Bohrium的notebook中有一个转换结构使用教程《ABACUS 使用教程｜如何转换 STRU 文件》，网址https://nb.bohrium.dp.tech/detail/9814968648）；

2. dpdata对cif或相关文件转换（暂无教程，感兴趣的研究者可做相关教程），做DP势函数后续必定要熟悉dpdata的使用，以便后续筛选清洗数据等，等教程和视频录制做完之后我再学习dpdata；

3. ATOMKIT 对cif文件进行转换；

4. 自己写脚本进行转换。

我主要使用第3种方式---用atomkit进行转换；由于ASE和dpdata我使用不熟，因此我不做介绍，希望有其他人可以贡献一个结构转换的比较全面的教程。

1. atomkit下载与安装 2024.02.27

1. 下载：到官网下载ATOMKIT，网址：https://vaspkit.com/atomkit.html或，者到atomkit开发者的QQ群下载，qq群号868296193。

2. 安装：下载文件之后上传至服务器，然后用tar axvf 命令解压，之后进入解压的文件夹，运行安装脚本

bash setup.sh

如果正常结束则可以使用atomkit命令

2. atomkit转换cif结构文件至STRU文件 2024.02.27

1. 先通过cd进入包含cif文件夹内，在服务器终端输入atomkit 命令，则会出现atomkit的使用提示界面，

可以看到在小人脚下有具体的功能提示，其中：1) Export Structures，就是转换结构需要的。输入1 然后按回车会有下步提示。

2. 提示中包含导出格式选择“Export Format Options” 其中需要导出的格式选择“101) ABACUS (*.stru)，”输入101然后回车，会得到下一步提示

3. 其中包含导入文件的格式“Import Format Option”，在此容易出错所以软件在提示下方给了一个例子。

4. 输入“113 youself.cif”然后按回车，就会在原来文件夹下导出一个*.STRU的结构文件，该文件即为ABACUS可识别的STRU。

3. Be16 STRU结构文件简介 2024.02.27

以下以Be单晶为例对STRU结构进行一下说明，以便初学者对结构文件有个大概认识。

包含16个Be原子的晶体结构用atomkit转换成STRU后用vscode（或者notepad++或写字板打开）可以看到：

ATOMIC_SPECIES
Be    9.012  Be_ONCV_PBE-1.0.upf
NUMERICAL_ORBITAL
Be_gga_10au_100Ry_4s1p.orb
LATTICE_CONSTANT
1.889726
LATTICE_VECTORS
4.571200000000  0.000000000000  0.000000000000
-2.28560000000  3.958775325779  0.000000000000
0.000000000000  0.000000000000  7.166400000000
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Be
0.000
16
0.166670000000  0.333340000000  0.125000000000  1  1  1  mag  0.0
0.333330000000  0.166670000000  0.375000000000  1  1  1  mag  0.0
0.666660000000  0.333330000000  0.125000000000  1  1  1  mag  0.0
0.833340000000  0.166670000000  0.375000000000  1  1  1  mag  0.0
0.166670000000  0.833340000000  0.125000000000  1  1  1  mag  0.0
0.333330000000  0.666670000000  0.375000000000  1  1  1  mag  0.0
0.666660000000  0.833330000000  0.125000000000  1  1  1  mag  0.0
0.833340000000  0.666670000000  0.375000000000  1  1  1  mag  0.0
0.166670000000  0.333340000000  0.625000000000  1  1  1  mag  0.0
0.333330000000  0.166670000000  0.875000000000  1  1  1  mag  0.0
0.666660000000  0.333330000000  0.625000000000  1  1  1  mag  0.0
0.833340000000  0.166670000000  0.875000000000  1  1  1  mag  0.0
0.166670000000  0.833340000000  0.625000000000  1  1  1  mag  0.0
0.333330000000  0.666670000000  0.875000000000  1  1  1  mag  0.0
0.666660000000  0.833330000000  0.625000000000  1  1  1  mag  0.0
0.833340000000  0.666670000000  0.875000000000  1  1  1  mag  0.0

(注：STRU内第一列没有1,2,3,4，……31的标注，飞书代码框的显示)包括：原子类型，所使用的势函数，晶格常数，晶胞信息，原子坐标和个数，是否固定，是否包含磁性等。具体STRU的介绍和其他信息可等软件使用熟悉之后去官网了解（https://abacus.deepmodeling.com/en/latest/advanced/input_files/stru.html）

同样用vscode或记事本，打开前边获取的cif文件，也可以看到相关的晶体结构信息。那么结构文件的转换就是把数据格式重新选择和排列，如果有能使用的工具或软件，会方便很多，实在不行可自行编写脚本来完成（当然编写脚本耗时会很多，且一般来说没必要浪费时间在重复脚本的编写上，除非简单的方法解决不了）。