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4.1.2.1 初次运行DPGEN生成文件

准备好以上文件之后可以利用命令运行DPGEN,

nohup dpgen run param.json ~/machine.json 1>log 2>err &

提交运行之后,会在当前目录下形成dpgen.log文件,和record.dpgen文件。其中record.dpgen记录了DPGEN当前运行到哪一步了。具体解释可以参考《DFT 到 MD|超详细「深度势能」材料计算上手指南》

同时会在文件夹内生成相关的输出文件,可以用tree命令查看,tree iter.000000/ -L 1,输出如下:

(base) zxg@zxg:~/BeCu/dpgen/run$ tree iter.000000/ -L 1
iter.000000/
├── 00.train
├── 01.model_devi
└── 02.fp


inter.000000:是第一次迭代生成的文件,其下的00.train是DPGEN调用DeePMD-kit进行DP势函数拟合的文件,其下有四个文件夹,000--003,每个文件夹下都有是一个DeePMD-kit训练势函数的文件。


当00.train运行完成后会生成01.model_devi文件夹

01.model_devi :是DPGEN调用LAMMPS进行模型探索文件,其下会生成很多不同探索构型以及不同运行环境下的文件,文件数量  与param.json中的 参数相关

"model_devi_jobs": [
   {"sys_idx": [0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15], "temps":[50, 250, 450, 650], "press": [0, 100, 1000, 5000, 10000], "trj_freq": 10, "nsteps": 2000, "ensemble": "npt-tri", "_idx": "00"},

"model_devi_jobs"下边的第一个大括号里边内容是第0次LAMMPS探索相关的设置,这里初次探索有16个构型,温度有四个,压力有5个,因此会生成16*4*5=320个文件夹,每个文件夹下DPGEN会调用LAMMPS进行一次动力学模拟,并在模拟过程中按DPGEN的参数设置梅隔一定的运行步数对比四个DP势函数在同一个构型下计算力的偏差,并把偏差输出到其文件中,并被DPGEN调用汇总力的偏差百分比。


当01.model_devi 运行完成后会生成02.fp文件夹

02.fp:是DPGEN调用ABACUS进行DFT计算的文件,在01.model_devi中会有很多力有偏差的构型,且构型比较多,DPGEN会根据param.json中的设置随机选择部分构型进行DFT计算,该文件夹下生产的文件个数跟相关

"fp_task_max": 60,
"fp_task_min": 5,

,如果探索构型中力的偏差在我们设定范围内,且数量大于5的话就会进行DFT的计算,如果力偏差构型小于5,则会停止计算,一般情况下第一次探索力的偏差会很多,都会进行DFT的计算,(当然如果训练集很完备,可能会一步训练成功)。

DFT的计算输出都在相应的文件夹下,在运行过程中可通过top命令查相关任务号,并通过pwdx ”任务号“ 命令查看当前在那个文件夹下运行DFT,通过cd相关文件夹,并通过cat fp.log来看DFT运行的日志,可预估运行的时间等。


作者:朱雪刚 邮箱:xuegangzhu@qq.com; 工作单位:石家庄学院 理学院/北京科学智能研究院(AISI)访问学者2023.07-2024.09,访问导师北京大学陈默涵; 徐张满仓 邮箱: xuzhangmancang@dp.tech

截止2024.07.21录制视频教程已上传至Bohrium的课程《DeePMD应用案例讲解:铜原子掺杂铍晶体的机器学习势函数拟合过程演示》网址: https://bohrium.dp.tech/courses/1075495070?tab=courses 后续会在Bohrium平台更新

注意:后续的更新,大部分会在Bohrium课程平台进行,请看教程入门的同学加入课程进行学习;且录制的视频课程会把一些个人观点给加入,从个人观点来看比文字教程的内容更多

写教程内容讨论QQ群:143276924 DPGEN+ABACUS教程准备;

ABACUS软件的QQ群:759914681,群内有专职开发人员,目前ABACUS提问问题以github的issue为主,群内可作为辅助提问。

欢迎大家推广本教程,让更多的dp入门学习者有个参考,目前2024.09.16我联系的微信公众号推广是 lammps加油站的小马老师(我也报名了小马老师的一对一辅导)。当然也看到lammps爱好者在转发推广。感谢大家公众号的推广。


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