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处理蛋白建模时需要注意H的处理

时间:2025-04-22        阅读

很多人习惯的在RSCB进行下载,然后上面的配体经常不去进行查看,然后直接进行处理力场文件,有的时候经常会出错,为啥就不能花些时间进行核对到底是什么物质呢

如FAD下载后实际上是一个无H的结构,得到的是

image.png

这个没有H的结构,如果用其他软件进行处理,很多时候会把双键识别成单键,等一系列错误的行为,所以大家处理这些结构的时候一定需要进行核对

image.png

RSCB你直接取检索FAD就行,不要检索成FDA,在处理的时候一定要检查

经常发现有人的配体都是错的,算完了之后表示影响不大,我也是无语。

做科研建议大家还是需要细致,如果只是发文章,那无所谓了,反正可以凑就凑吧

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