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处理蛋白时的结晶水不要乱删时间：2025-04-22 本人不是做生物的对蛋白也不是很了解，但是我经常发现有人对于蛋白结构中的结晶水进行一口气式的删除，好像结晶水的存在是无所谓的。似乎感觉一个学生物的，还不如我这边不做生物的懂。 首先我们需要知道水是极性的，会形成氢键。 当出现内部水桥和离子型残基之间的结晶水是不建议删掉的 当出现空腔时需要注意一般空腔加水的时候肯定能加进去，但是如果遇到小空腔不一定能加水进去，但是小空腔里面的限域水的初始位置不好可能刚开始跑的时候结构不稳定 有人会说不能用MD跑完重新得到这个结构吗，其实可以，可能会比较难，我们做计算的目的是为了研究不是为了进行重复无聊的时间。 当然如果是希望结构更加不稳定，可以把这些删除然后进行计算，得到你想要的结果，都是可以的，反正看你的需要。 有人会问不删除怎么进行处理力场，你不会是认为力场跟建模是一回事吧。拆开去处理力场，整体建模就好了。 上一篇电解液理化性质计算下一篇处理蛋白建模时需要注意H的处理 |