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Selections-其他语法说明

时间:2025-04-23     作者:邱新龙翻译【转载】   来自:vmd手册   阅读

serial 1 to 9   1号到9号 不用在9前面写serial了

and/or/not 交集/并集/非集

( )/{}划分为整体,()的优先级高于没有,低于{}

数学符合::<  <=  =  >=  >  != 可以用

计算符合::+ - * / **(平方)  ^(平方)  sqr(平方), sqrt(开根号), abs(绝对值), sin, cos, tan, atan, asin, acos, sinh, cosh, tanh, exp, log, log10


same residue as (x-20)^2+(y-20)^2 <= 400

same residue as (x-20)^2+(y-20)^2+(z-20)^2 <= 400


(same residue as within 3 of resname MOL) and resname SOL

寻找MOL3A范围内的残基,并且保持完整,最后和SOL求并集


pbwithin会考虑周期性边界/within不考虑

exwithin使用可以排除自身

withinbonds 2 of MOL表示 MOL周边含有双键的原子

same A as B 表示A与B相同的属性

ringsize 6 from MOL表示MOL上面的6圆环

maxringsize 6 from MOL表示MOL上面的含6圆环以内的圆环结构


name CA CB :名为CA和CB的原子,如果后续继续加仍然可以使用,

name "C.":名字为两个字符且第一个字符为C的原子

name "C..":名字为三个字符且第一个字符为C的原子

name "CE[1-3]":名字为CE1、CE2、CE3的原子

name 'O5*':叫O5*的原子。注意原子名带星号的在选取时要用单引号括住以免转义

resname 'CA2+':残基名是CA2+的原子(二价钙离子)。名字带正负号的也要用单引号括住以免转义


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