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Tcl文本界面

时间:2025-04-26     作者:邱新龙翻译【转载】   来自:vmd手册   阅读

文本命令可以通过几种方式输入到VMD中:

命令可以通过在文本控制台窗口的VMD提示符处键入它们来输入。此窗口通常包含提示符vmd >。当其他文本(例如,从鼠标选择)显示到屏幕上时,它将滚动屏幕,使提示符不在屏幕的最后一行。要使其重新出现,请按enter。当输入多行命令时,会出现另一个提示符?,并且在命令完成之前不会消失。有时它会等待双引号、左括号或左括号的结束,而有时它会等待不以反斜杠结束的行。

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由于您可能不想每次都重新输入所有数据,因此有两种方法可以从文本文件中读取数据。一个是play命令。它从文件中读取一行,执行它,然后更新屏幕并检查鼠标或窗口输入中的任何更改,以便VMD在脚本执行期间保持交互。第二种方法是Tcl命令源。这将在允许鼠标和窗口响应新输入之前读取整个文件。当脚本包含许多行时,这通常更有效。

在Unix/Linux平台上,如果主目录中存在.vmdrc文件(参见14.3.3节),则在VMD启动时播放该文件。如果没有.vmdrc文件,VMD将使用VMD安装目录下的默认脚本。类似地,在启动时,可以使用-e命令行标志来指定读取.vmdrc文件后要播放的输入文件。Windows版本的VMD工作原理类似,不过启动文件名为vmd.rc。


标准发行版是用Tcl编译的,它添加了一个完整的脚本语言,包括变量、循环和条件,以及通过标准TCP/IP套接字与其他程序通信的标准方法。1.2及以后的版本还包括Tk工具包,用于创建带有按钮的菜单,这些按钮绑定到用户喜欢的操作。

Tcl (Tool Command Language的缩写,由John Ousterhout开发)是一种可嵌入和可扩展的脚本语言。换句话说,Tcl作为语言解释器位于VMD中,它可以在其中执行其标准语言命令或各种VMD特定扩展。

VMD使用Tcl和Tk版本8.4.1。我们建议您访问

http://www.tcl.tk/以获取有关Tcl的更多信息。




VMD中的所有Tcl命令都由一个或多个以空格分隔的单词或短语组成,并以换行符结束。

在Tcl中,“短语”是由双引号或一组匹配的开括号和闭括号包围的文本。

每个命令的第一个字表示命令的一般用途,后面的字指定要执行的命令的确切类型。


表9.1通过列出第一个单词总结了VMD中的文本命令,并描述了以这些单词开头的命令的一般用途。


以下各节中描述的命令按名称列出,后面是可用参数的列表。


如果参数是可选的,则用[]括起来。

如果只需要参数列表中的一个,则该列表用<>括起来,各项用|分隔。

斜体字表示用户要指定的字符串或值。



总结核心文本命令在VMD

animate播放/暂停/回放分子轨迹。
atomselect创建原子选择对象以进行分析。
axes在屏幕上定位一组XYZ轴。
color更改分配给分子的颜色,或编辑色图。
colorinfo(Tcl)获取各种对象的颜色属性
display更改图形显示窗口的各个方面。
exit, quit退出VMD。
gettimestep以二进制Tcl数组的形式检索时间步长(用于插件)
help使用HTML查看器显示联机帮助文件。
imd控制与远程模拟的连接。
label打开/关闭原子、键、角、二面角或弹簧的标签。
light控制用于照亮图形对象的光源。
logfile打开/关闭将VMD会话记录到文件或控制台。
material创建新的材质定义并修改其设置。
mdffiMDFF密度图合成和互相关命令
measure测量分子结构的性质。
menu控制或查询屏幕上的GUI窗口。
molecule or mol加载、修改或删除分子。
molinfo获取有关分子或加载文件的信息。
mouse更改鼠标的当前状态(模式)。
parallel在集群或超级计算机上并行执行命令。
play从指定文件开始执行文本命令。
render将当前显示的图像(场景)输出到文件。
rock以指定的速率连续旋转当前场景。
rotate将当前场景围绕给定轴旋转一定角度。
scale向上或向下缩放当前场景。
stage在屏幕上放置一个棋盘台。
tool初始化和控制外部空间跟踪设备。
translate平移当前场景中的对象。
user添加新的键盘命令。
vmdinfo(Tcl)获取有关此版本VMD的信息
volmap基于分子信息创建体积数据
wait在读取另一个命令之前,请等待几秒钟。动画继续。
sleep在读取另一个命令之前,先睡几秒钟。动画已冻结。


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