Rg分析

回旋半径（Rg）是描述分子尺寸和形状的重要参数，其值越小表示分子越紧凑，反之则越松散。在分子动力学模拟中，Rg 分析有助于评估蛋白质和配体的构象稳定性。通过分析 X、Y、Z 三个主轴方向的 Rg 分量，可以进一步了解分子的形状各向异性和空间分布特性。通常，球形分子的 Rg 值较小，而各向异性分子的 Rg 值较大。蛋白 B 蛋白与小分子小分子 C 结合的 Rg 分析如图 1-3 所示,从图 1-3A 和图 1-3C 的 Rg 变化趋势可以看出，蛋白质和配体的 Rg 值在整个模拟过程中均表现出较小的波动，说明它们的构象相对稳定。蛋白质的平均 Rg 值为 19.28Å，而配体的平均 Rg 值为 6.26 Å，这与它们的大小相符。图 1-3B 和图1-3D 中的分量分析显示，蛋白质和配体的 Rg 分量波动较小，且各分量之间的差异不大，表明它们在模拟期间保持了接近球形的结构。蛋白质-配体复合物的 Rg 分析与其他分析（如 RMSD、RMSF、PCA 等）相结合，可以提供一个全面的分子动力学行为特征描述。RMSD 分析评估了整体构象的稳定性，RMSF 分析揭示了局部区域的动态变化，而 Rg 分析则提供了分子紧凑性和形状的信息。这些分析结果表明，蛋白质-配体复合物在模拟过程中保持了高度的稳定性，这对于理解它们的结合模式和相互作用机制至关重要。

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