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结合模式分析时间：2025-04-28 本研究通过分子动力学模拟探究小分子小分子 C 与靶蛋白 B 的结合机制。模拟结果显示如图 1-9，小分子定位于蛋白表面的疏水凹槽中，其核心结合区域由多个氨基酸残基通过氢键、疏水作用等稳定（图 1-9A）。2D 相互作用图（图1-9B）进一步揭示小分子官能团（如羟基、芳香环）与蛋白残基的化学互补性，溶剂暴露度分析提示部分区域可能影响配体结合动态性。结合口袋内的水分子分布可能参与间接相互作用，为优化配体设计提供潜在靶点。
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