Micelle Builder

Micelle Builder帮助用户生成构建纯/混合胶束系统或用于分子动力学模拟的蛋白质/胶束复合物所需的一系列CHARMM输入。下面给出了每个步骤的简要描述。

请注意

为平衡和生产提供了NAMD输入（v2.7b3或之后）（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“namd”目录中找到输入文件。
GROMACS输入（v5.0或更高版本）用于最小化、平衡和生产（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“gromacs”目录中找到输入文件。请参阅gromacs/README。
AMBER输入（v16或之后）用于最小化、平衡和生产（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“amber”目录中找到输入文件。请参阅amber/README。
GENESIS输入（v1.1.0或之后）用于最小化、平衡和生产（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“genesis”目录中找到输入文件。
为平衡和生产提供了OpenMM输入（v6.2或之后）和运行脚本（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“openmm”目录中找到输入文件。请参阅openmm/README。
为平衡和生产提供了CHARMM/OpenMM输入（c39b1或之后）（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“charmm_openmm”目录中找到输入文件。
修补匠输入（v8.10或之后）用于最小化、平衡和生产（参见STEP6）。在所有输入文件生成后，当您下载tar存档（“charmm-gui. tgz”）时，可以在“修补匠”目录中找到输入文件。
蛋白质必须相对于中心位于（0,0,0）的胶束定向
RCSB PDB结构不是预定向的，但可以在步骤2中定向（见下文）
OPM（http://opm.phar.umich.edu）提供相对于膜法线的预定向蛋白质坐标
同质/异质胶束可以用SDS、LMPG、DHPC、DPC、TPC、ADDG、BDDG、ADG、BDG、ADDM、BDDM、ADM和BDM构建
•系统形状支持矩形几何形状
如果您不熟悉第一个PDB阅读步骤，请先观看这些视频演示。
OPM PDB在ATOM和HETATM之间不包含“TER”，因此CHARMM-GUI经常无法识别配体分子。在这种情况下，用户应手动在适当的位置插入“TER”。

参考文献

S. Jo, T. Kim, V.G. Iyer, and W. Im (2008)

CHARMM-GUI: A Web-based Graphical User Interface for CHARMM. J. Comput. Chem. 29:1859-1865

X. Cheng, S. Jo, H.S. Lee, J.B. Klauda and W. Im (2013)

CHARMM-GUI Micelle Builder for Pure/Mixed Micelle and Protein/Micelle Complex Systems. J. Chem. Inf. Model. 53:2171-2180

J. Lee, X. Cheng, J.M. Swails, M.S. Yeom, P.K. Eastman, J.A. Lemkul, S. Wei, J. Buckner, J.C. Jeong, Y. Qi, S. Jo, V.S. Pande, D.A. Case, C.L. Brooks III, A.D. MacKerell Jr, J.B. Klauda, and W. Im (2016)

CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations using the CHARMM36 Additive Force Field. J. Chem. Theory Comput. 12:405-413

J. Lee, M. Hitzenberger, M. Rieger, N.R. Kern, M. Zacharias, and W. Im (2020)

CHARMM-GUI supports the Amber force fields. J. Chem. Phys. 153:035103

第1步