measure2

measure cluster selection [num numclusters] [distfunc flag] [cutoff cutoff] [first first] [last last] [step step] [selupdate bool] [weight weight]

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] cutoff 1 first 1 last 100 step 10

1 {21 31 41 81} 11 51 61 {71 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] cutoff 2 first 1 last 100 step 10

1 11 21 {81 51 91} {41 61} {31 71}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] cutoff 3 first 1 last 100 step 10

1 {21 41 51 61 71 81} 11 31 91 {}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] cutoff 4 first 1 last 100 step 10

{71 1 11 51 61 81 91} 21 31 41 {} {}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] cutoff 5 first 1 last 100 step 10

{81 21 31 41 51 61 71} 1 11 91 {} {}

measure cluster selection [num numclusters] [distfunc flag] [cutoff cutoff] [first first] [last last] [step step] [selupdate bool] [weight weight]

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] first 1 last 100 step 10 distfunc fitrmsd

1 11 21 31 41 {51 61 71 81 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] first 1 last 100 step 10 distfunc rmsd

1 11 21 31 41 {51 61 71 81 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] first 1 last 100 step 10 distfunc rgyrd

1 11 21 31 41 {51 61 71 81 91}

measure contacts cutoff selection1 [selection2]

找出selection1中所有在selection2中任何原子的截止范围内且未与之成键的原子。如果省略selection2，则将其视为与selection1相同的。Selection2和selection1可以来自相同的分子也可以来自不同的分子。

返回两个原子索引列表，第一个包含每对原子的第一个索引（取自selection1），第二个包含第二个索引（取自selection2）。

注意，索引是原子相对于其母分子的全局索引，而不是包含它的给定原子选择中的索引。

measure contacts 5  [atomselect top "resname OTF"]  [atomselect top "resname MOL"]

得到在[atomselect top "resname MOL"]中的任意原子的5埃范围内的[atomselect top "resname OTF"]中的未与之成键的原子。

measure dipole selection [-elementary|-debye] [-geocenter|-masscenter|-origincenter]

从原子各自的位置和电荷值计算选择中的原子的偶极矩矢量。结果默认假设电荷以基本电荷为单位，距离以埃为单位。

默认情况下，结果以相同的单位给出（与使用-elementary标志相同），设置-debye标志将把输出转换为Debye单位。

对于所有单个电荷加起来后有剩余电荷的选择，所得到的偶极子矢量取决于电荷分布中心的选择。

默认情况下，中心将是选择的几何中心（与使用-geocenter标志相同），但是可以通过-masscenter标志使用选择的质心，以及通过-origincenter标志使用原点。

建议使用-masscenter，但不是默认设置，因为它取决于为所有原子正确设置的质量值。

vmd > measure dipole [atomselect top "resname OTF"] -debye -masscenter

0.0 0.0 0.0

measure fit selection1 selection2 [weight weight] [order index list]

返回一个4x4变换矩阵，当它应用于selection1中的原子时，会最小化selection1和selection2之间的加权RMSD。有关RMSD对齐的更多信息，请参见12.4.2节。可选的flag order以一个以0为基础的索引列表作为参数，指定如何重新排序selection2中的原子（例如：要反转包含10个原子的选择中的原子顺序，可以使用order{9 8 7 6 5 4 3 2 10 0}）。

measure gofr selection1 selection2 [delta value] [rmax value] [usepbc boolean] [selupdate boolean] [first first] [last last] [step step]:

计算两个选择中所有原子对的原子径向对分布函数g(r)和数字积分。两种选择必须参考相同的分子，并且可能是相同的。如果其中一个选择解析为给定时间步长的空列表，则将空数组添加到直方图中。该命令返回一个包含r， g(r), 数字积分的五个列表的列表，非规范化直方图，以及包含当前3个元素的帧计数器列表：处理的帧总数，跳过的帧数量和使用正交单元算法处理的帧数量（进一步的算法和相应的列表条目将在将来添加）。

使用可选参数delta（默认0.1）和rmax（默认10.0）可以设置分辨率和最大r值。

使用usepbc标志可以开启周期性边界条件的处理。

启用selupdate标志后，两个原子选择都会在处理每个帧时更新，从而允许高效地使用“within”选择。单元格的大小必须存储在轨迹文件中，或者必须使用molinfo命令手动设置所有帧。默认情况下，该命令仅为两个选择使用当前活动帧。

在大多数情况下，建议通过first、last和step使用显式的帧范围。