molinfo命令用于获取有关分子(或加载的文件)的信息,包括加载的原子数、文件名、图形选择和查看矩阵。它也可以用来返回关于装载分子列表的信息。每个分子都有一个唯一的id,这是在第一次装载时分配给它的。它们从0开始,每增加一个分子增加1。当一个分子被删除时,这个数字就不再使用了。有一个独特的分子,称为顶部分子[§5.4.2],用于确定一些参数,如视图中心,动画控件中的数据等。
list:返回当前所有分子id的列表。
num:返回装载的分子数。
top:返回顶部分子的id。
index n:返回第n个分子的id。
molecular id set {list of keywords} {list of values}访问并在某些情况下修改给定分子的信息。可识别的关键字列表如表9.3所示。
vmd > molinfo list
0 1 2 3
输出molid有哪些
vmd > molinfo num
4
一共4个molid
vmd > molinfo top
3
顶部的信息是molid=3,不是0,所有使用top时需要注意
vmd > molinfo index 30
-1
vmd > molinfo index 3
3
-1表示没有
3表示对应的3号
vmd > molinfo index 1
2
如果我删除了原来的1,则index会重新排序,对应的就成为2了
| 关键词 | 别名 | 类型 | 设置 | 描述 |
| id |
| int | N | 分子id |
| index |
| int | N | 分子列表上的索引 |
| numatoms |
| int | N | 原子数 |
| name |
| str | N | 分子的名称(通常是文件的名称) |
| filename |
| str | N | 为此分子加载的所有文件的文件名列表 |
| filetype |
| str | N | 此分子的文件类型列表 |
| database |
| str | N | 该分子的数据库列表 |
| accession |
| str | N | 该分子的数据库登录代码列表 |
| remarks |
| str | N | 该分子的自由形式注释列表 |
| active |
| bool | Y | 使分子活跃 |
| drawn | displayed | bool | Y | 绘制分子 |
| fixed |
| bool | Y | 使分子固定 |
| top |
| bool | Y | 使分子达到顶部 |
| center |
| vector | Y | 获取/设置用作中心的坐标 |
| center_matr |
| matrix | Y | 获取/设置中心矩阵 |
| rotate_matrix |
| matrix | Y | 获取/设置旋转矩阵 |
| scale_matrix |
| matrix | Y | 获取/设置缩放矩阵 |
| global_matrix |
| matrix | Y | 获取/设置全局(旋转/缩放)矩阵 |
| view_matrix |
| matrix | N | 获取/设置整体查看矩阵 |
| numreps |
| int | N | 代表的数量 |
| selection i |
| string | N | 第i个选择的字符串 |
| rep i |
| string | N | 第i个表示的字符串 |
| color i | colour | string | N | 第i种着色方法的字符串 |
| numframes |
| int | N | 动画帧数 |
| numvolumedata |
| int | N | 体积数据集的数量 |
| frame |
| int | Y | 当前帧编号 |
| timesteps |
| int | Y | 交互式仿真中经过的时间步数 |
| angles |
| list | Y | 拓扑角类型和定义{a1-a2-a3} |
| dihedrals |
| list | Y | 拓扑二面角类型和定义{a1、a2、a3、a4} |
| impropers |
| list | Y | 拓扑不正确的类型和定义{类型a1 a2 a3 a4} |
| bond |
| float | N | 键能(针对当前帧) |
| angle |
| float | N | 角能 |
| dihedral |
| float | N | 二面角能量 |
| improper |
| float | N | 不适当的能量 |
| vdw |
| float | N | 范德华能量 |
| electrostatic | elec | float | N | 静电能 |
| hbond |
| float | N | 氢键能 |
| kinetic |
| float | N | 总动能 |
| potential |
| float | N | 总势能 |
| energy |
| float | N | 总能量 |
| temperature | temp | float | N | 整体温度 |
| pressure |
| float | Y | 模拟压力 |
| volume |
| float | Y | 模拟体积 |
| efield |
| float | Y | efield |
| alpha |
| float | Y | 单位晶胞角度α(单位:度)(适用于当前帧) |
| beta |
| float | Y | 单位晶胞角度β(单位:度)(适用于当前帧) |
| gamma |
| float | Y | 单位晶胞角度伽玛(单位:度)(适用于当前帧) |
| a |
| float | Y | 单位晶胞长度a(埃)(针对当前帧) |
| b |
| float | Y | 单位晶胞长度b(单位:埃)(适用于当前帧) |
| c |
| float | Y | 单位晶胞长度c(埃)(针对当前帧) |
Examples:
vmd > molinfo top get numatoms
568
获得原子数
vmd > molinfo 0 get {filetype filename}
pdb /home/dalke/pdb/bpti.pdb
获取格式以及文件路径
vmd > molinfo 0 get { {rep 0} {color 0} {rep 1} {color 1} }
{VDW 1.000000 8.000000} {ColorID 5} Lines 1.0000 SegName