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molinfo

时间:2025-05-01     作者:邱新龙翻译【转载】   来自:vmd手册   阅读

molinfo命令用于获取有关分子(或加载的文件)的信息,包括加载的原子数、文件名、图形选择和查看矩阵。它也可以用来返回关于装载分子列表的信息。每个分子都有一个唯一的id,这是在第一次装载时分配给它的。它们从0开始,每增加一个分子增加1。当一个分子被删除时,这个数字就不再使用了。有一个独特的分子,称为顶部分子[§5.4.2],用于确定一些参数,如视图中心,动画控件中的数据等。


list:返回当前所有分子id的列表。

num:返回装载的分子数。

top:返回顶部分子的id。

index n:返回第n个分子的id。

molecular id set {list of keywords} {list of values}访问并在某些情况下修改给定分子的信息。可识别的关键字列表如表9.3所示。


vmd > molinfo list

0 1 2 3

输出molid有哪些


vmd > molinfo num

4

一共4个molid


vmd > molinfo top

3

顶部的信息是molid=3,不是0,所有使用top时需要注意


vmd > molinfo index 30

-1

vmd > molinfo index 3

3

-1表示没有

3表示对应的3号

vmd > molinfo index 1

2

如果我删除了原来的1,则index会重新排序,对应的就成为2了


关键词别名类型设置描述
id
intN分子id
index
int N分子列表上的索引
numatoms
int N原子数
name
str N分子的名称(通常是文件的名称)
filename
strN为此分子加载的所有文件的文件名列表
filetype 
str N此分子的文件类型列表
database 
str N该分子的数据库列表
accession 
strN该分子的数据库登录代码列表
remarks 
str N该分子的自由形式注释列表
active 
boolY使分子活跃
drawn displayedboolY绘制分子
fixed 
boolY使分子固定
top 
boolY使分子达到顶部
center 
vector Y获取/设置用作中心的坐标
center_matr
matrix Y获取/设置中心矩阵
rotate_matrix
matrix Y获取/设置旋转矩阵
scale_matrix
matrix Y获取/设置缩放矩阵
global_matrix
matrix Y获取/设置全局(旋转/缩放)矩阵
view_matrix
matrixN获取/设置整体查看矩阵
numreps
int N代表的数量
selection i 
string N第i个选择的字符串
rep i 
string N第i个表示的字符串
color i colourstring N第i种着色方法的字符串
numframes 
int N动画帧数
numvolumedata 
int N体积数据集的数量
frame
int Y当前帧编号
timesteps
int Y交互式仿真中经过的时间步数
angles 
list Y拓扑角类型和定义{a1-a2-a3}
dihedrals 
list Y拓扑二面角类型和定义{a1、a2、a3、a4}
impropers
listY拓扑不正确的类型和定义{类型a1 a2 a3 a4}
bond
floatN键能(针对当前帧)
angle 
floatN角能
dihedral 
floatN二面角能量
improper 
floatN不适当的能量
vdw 
floatN范德华能量
electrostatic elecfloatN静电能
hbond 
floatN氢键能
kinetic 
floatN总动能
potential 
floatN总势能
energy 
floatN总能量
temperaturetempfloatN整体温度
pressure 
floatY模拟压力
volume 
floatY模拟体积
efield 
floatYefield
alpha 
floatY单位晶胞角度α(单位:度)(适用于当前帧)
beta 
floatY单位晶胞角度β(单位:度)(适用于当前帧)
gamma 
floatY单位晶胞角度伽玛(单位:度)(适用于当前帧)
a
floatY单位晶胞长度a(埃)(针对当前帧)

floatY单位晶胞长度b(单位:埃)(适用于当前帧)

floatY单位晶胞长度c(埃)(针对当前帧)


Examples:

vmd > molinfo top get numatoms

568

获得原子数


vmd > molinfo 0 get {filetype filename}

pdb  /home/dalke/pdb/bpti.pdb

获取格式以及文件路径


vmd > molinfo 0 get { {rep 0} {color 0} {rep 1} {color 1} }

{VDW 1.000000 8.000000} {ColorID 5} Lines 1.0000 SegName







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