acpype介绍及安装

这是一个Python脚本，可以在https://github.com/alanwilter/acpype下载。

使用前必须在机子里安装AmberTools（免费），acpype会调用其中的Antechamber先产生Amber格式的拓扑文件然后再转成GROMACS的。

acpype用法很简单，要处理xxx.mol2就执行./acpype.py -i xxx.mol2，算完后会新产生一个xxx目录，里头有_GMX后缀的.gro、.itp、.top，直接在GROMACS里用即可。

默认情况下，产生的拓扑文件是基于GAFF力场的，另外也会输出_OPLS后缀的基于OPLS力场的文件，但属于实验性质不建议用。

.mol2文件用常用的GaussView就可以产生（但必须确保在gview里看到的分子结构中没有诡异的成键方式），也可以通过OpenBabel或Antechamber将其它格式转成.mol2。

默认情况下acpype分配的原子电荷是Antechamber产生的AM1-BCC，虽然能用，但明显不如RESP/RESP2电荷理想。

建议大家按前述做法用Multiwfn计算出RESP或RESP2电荷，自行写入分子拓扑信息的[atoms]的原子电荷那一列。

如果你懒得为了用acpype而装臃肿庞大的AmberTools，可以用在线版http://bio2byte.be/acpype/，不过可能排队要排很久。

所以如果你要快速处理较多小分子，还是建议用离线版acpype。

对于稍大的体系，用独立的acpype时强烈建议加上-c user选项以避免acpype自动算AM1-BCC原子电荷，

否则在处理期间acpype所调用的Antechamber会先调用SQM程序用半经验方法进行优化然后再算这个电荷。

然而SQM不仅慢，做优化还容易不收敛，导致半天也无法成功产生拓扑文件。

更何况最后也是要替换为Multiwfn算的RESP/RESP2电荷，故计算AM1-BCC电荷没实际意义。

同理，用在线版acpype也是建议把charge method设为user。

Ambertools和acpype的安装-miniconda3安装(无脑安装)

mkdir -p ~/miniconda3      #在home目录下新建miniconda3文件夹

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh

bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3

rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh

Ambertools和acpype的安装-conda安装Ambertools23

conda install -c conda-forge ambertools=23

结束后提示以下内容：

测试是否安装成功，输入antechamber并回车，出现下面的界面则代表成功：

安装版本为 v. 2022.6.6

conda install -c conda-forge acpype

测试安装成功与否，输入acpype并回车，出现以下的提示则安装成功：