acpype在线使用

https://bio2byte.be/acpype/

ACPYPE 门户旨在 为不常见的有机化合物生成拓扑参数文件。它基于 ANTECHAMBER，到目前为止，ACPYPE 是 能够为 CNS/XPLOR、GROMACS、CHARMM 和 AMBER 工作。

ACPYPE Server 的主要范围是帮助为 涉及未知参数分子的自动分子动力学模拟， 例如，在蛋白质和抑制剂的复合物中，配体通常为 一种不寻常的化合物。

ACPYPE 代表 AnteChamber PYthon Parser interfacE 的 e 和 “ace + pipe” 的发音。

引用链接

SOUSA DA SILVA, A. W. & VRANKEN, W. F. ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE. BMC Research Notes 2012, 5:367

KAGAMI, L. P., SOUSA DA SILVA, A. W., DÍAZ, A., & VRANKEN, W. F., The ACPYPE web server for small-molecule MD topology generation, Bioinformatics, Volume 39, Issue 6, June 2023, btad350

如果您使用非均匀的 1-4 比例因子转换（例如，如果使用 GLYCAM06），请引用：

BERNARDI, A., FALLER, R., REITH, D., and KIRSCHNER, K. N. ACPYPE update for nonuniform 1–4 scale factors: 

Conversion of the GLYCAM06 force field from AMBER to GROMACS. SoftwareX 10 (2019), 100241.

使用范围

它将采用 SMILES 输入或格式为 PDB、MDL 或 MOL2 的无开放价有机小分子的文件，并且 根据 GAFF（Amber力场）分配电荷和力场参数化。 有一些选项可以应用于提交的项目。

对于原子电荷方法，有三种方法：

bcc：用于半经验性 AM1-BCC，参数化以重现 HF/6- 31G* RESP 电荷;速度慢，但具有良好的成本/收益（默认）

Gasteiger 方法，非常快但不太准确

user：对于已计算电荷的 MOL2 文件，通过 R.E.D.-III 等方式

对于 net charge（净电荷），请为项目设置一个整数值，或让 ACPYPE guess 分子的净电荷。

对于 atom type（原子类型），设置 GAFF（默认）、GAFF2 或 AMBER。如果设置为 AMBER，则 ACPYPE/antechamber  将尝试根据 AMBER14SB ForceField 设置参数和 Atom 类型。

案例 失败时，将使用 GAFF 参数（但使用 AMBER 原子类型）。

不能使用：它不适用于具有开放价的有机分子；包含其他原子 比 C、N、O、S、P、H、F、Cl、Br 和 I；或共价 与另一个分子键合。

如果想要修饰氨基酸残基的参数 ，获得它的一种方法是中和 N 端和 C 端，然后拟合 手动将附加参数添加到改性残基中。

操作使用

点击Token，

get a token

先得到Token

此在线服务支持的文件格式为SMILES、PDB、MDL或MOL2，请求限制为200个原子。

如果可能的话，我们强烈建议您上传PDB、MDL或MOL2文件，而不是使用SMILES输入（这种表示法是分子结构的近似表示，有时会导致生成的模型不准确）。

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